Вирус Reptile bornavirus 1 strain 251327
Рис. 1. Борнавирус
Систематическое положение вируса [1, 2]
- Domain: Viruses
- Order: Mononegavirales
- Family: Bornaviridae
- Genus: Bornavirus
- Species: Reptile bornavirus 1
- Strain: Reptile bornavirus 1 251327
Русское название: Борнавирус рептилии 1
По типу носителя генома данный вирус относится к ssRNA negative-strand viruses, т.е. геном содержит одну молекулу отрицательной линейной РНК. [3]
Информация о хозяине вируса
Вирус был извлечен из пойманной на природе Elapsoidea loveridgei. Это ядовитая змея, обитающая в Южной Африке. Она относится к роду Elapsoidea (Африканские пестрые аспиды) семейства Elapida (Аспидовые) отряда Squamata (Чешуйчатые). Питание разнообразно, активно охотятся. Приступают к размножению один раз в году весной после боев самцов за самок. [4, 5]
Особенности существования и взаимоотношения с хозяином
Проникновение в клетку осуществляется путем эндоцитоза. Борнавирусы — единственные представители отряда Mononegavirales, которые реплицируются в ядре клетки-хозяина. Специфические механизмы репликации и сплайсинга не изучены.
Описание генома из записи банка Refseq [6]
Идентификатор записи банка RefSeq: NC_024778.1.
Содержание записи: последовательность полного генома.
Длина последовательности генома: 8884 п.н.
Описание генов в геноме вируса
Как видно из Рис. 2, в полном геноме вируса содержится всего 6 генов, закодированных на одной цепи РНК. Все гены расположены в положительном направлении.
Рис. 2. Полный геном вируса с генами. Рисунок получен с помощью геномного браузера сайта NCBI [6].
В Таблице 1 указана основная информация об этих генах.
| Таблица 1. Гены в геноме вируса | |||
|---|---|---|---|
| Метка гена | Длина гена | Идентификатор кодируемого белка | Длина белка |
| N | 1134 | YP_009055058.1 | 377 |
| X | 270 | YP_009055059.1 | 89 |
| P | 627 | YP_009055060.1 | 208 |
| M | 429 | YP_009055061.1 | 142 |
| G | 1500 | YP_009055062.1 | 499 |
| L | 6427 | YP_009055063.1 | 1713 |
Видно, что не весь ген L кодирует белок YP_009055063.1 и не на всей последовательности гена на Рис. 2 изображены нуклеотиды. Вероятно, это может быть связано с тем, что данный ген еще не до конца изучен.
Еще одной особенностью генома данного вируса является то, что некоторые гены перекрываются. Один из примеров такого перекрытия генов представлен на Рис. 3.
