Семейства белковых доменов

Задание 1

Для выполнения заданий была использована последовательность белка Elongation factor 1-alpha археи Acidilobus saccharovorans 345-15.
Последовательность можно посмотреть в fasta-файле.
Проект JalView можно скачать по ссылке.
результаты итераций поиска представлены на Рис. 1.

Рис. 1. Домены pfam в последовательности белка

Seed-выравнивание сохранено здесь.

Задание 2.

Была получена консенсусная последовательность участка белка при помощи сайта http://emboss.bioinformatics.nl/ (ссылка на последовательность).

С помощью сайта http://threeplusone.com/weblogo/ был получен Logo выравнивания.

Рис. 2. Logo для участка 2-23 белка seed-последовательности

Задание 4.

При помощи сервиса http://prosite.expasy.org/scanprosite/ были построены паттерны, показывающие наиболее часто встречающиеся аминокислоты.
Сильный паттерн: [PR]-[HI]-[RV]-N-[IVFL]-G-[ITV]-[IMV]-[GA]-H-V-D-H-G-K-[TS]-T-L-T-[DGA]-[AR]-[LI]
Слабый паттерн: X-[HI]-[RVI]-[NY]-[IVFL]-[GVA]-[ITV]-[IMVL]-[GA]-H-[VI]-D-[HAS]-G-K-[TS]-[TS]-[LTI]-[TLVS]-[DGAE]-[AR]-[LI]

Для сильного паттерна было найдено 523 последовательности, для слабого - 737.