Внутренности белков и макромолекулярных комплексов
|
После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки:
1. Запустить скрипт:
2. Продолжить исполнение скрипта:
Текст скрипта к 1-ому заданию |
Задание 1 (скрипт Cores)
В белке Elongation factor 1-alpha присутствуют 3 гидрофобных ядра, которые в скрипте, выполненном при помощи
сервера CluD, обозначены как core1, core8 и core7 соответственно.
Я выделила именно эти 3 ядра, т.к. они являются самыми "большими" (остальные ядра содержат не более 7 атомов).
Данные гидрофобные ядра содержат соответственно 1289, 256 и 92 атома.
Процентное отношение числа атомов гидрофобных ядер к числу атомов белка (5961 атом) представлено в таблице 1.
| Таблица 1. Процентное отношение числа атомов гидрофобных ядер к числу атомов белка Elongation factor 1-alpha | ||
|---|---|---|
| Гидрофобное ядро | Количество атомов в ядре | Процент от числа атомов белка, % |
| core1 | 1289 | 21,6 |
| core8 | 256 | 4,3 |
| core7 | 92 | 1,5 |
Задание 2 (скрипт Surrounding)
Минимальное расстояние, на котором могут находиться атомы, которые почти полностью покрывают поверхность выбранного остатка PHE355:B (такое, при котором молекула остатка практически не видна), составляет 4 ангстрема.
Характерное расстояние между атомами белка составляет 5-6 ангстрем, т.к. именно в этом промежутке появляется большинство атомов, полностью закрывающих остаток.
Между соседними атомами белка могут поместиться какие-нибудь небольшие неполярные атомы, но молекула воды поместиться не может. Ее ван-дер-ваальсов радиус примерно равен радиусу кислорода, т.е. 1,4 ангстрема. Следовательно, диаметр молекулы примерно равен 2,8 ангстрема, что в среднем составляет примерно половину характерного расстояния между атомами белка, а в этом промежутке (5-6 ангстрем) должны помещаться также и половины соседних атомов белка. К тому же, речь идет о гидрофобном ядре, так что для воды поместиться между какими-нибудь его атомами практически невозможно.
Задание 3 (скрипт ProtDna)
В данном скрипте представлен комплекс ДНК-белок. На первом изображении показаны участок ДНК и одна из цепей белка в виде "картонок" (cartoons),
покрашенные по стркутурам. Видно, что в области контакта с ДНК белок предствлен α-спиралью и β-тяжом, причем β-тяж находится ближе
к ДНК, чем α-спираль.
На втором изображении представлены ДНК в виде шариковой модели (spacefill) с раскраской по элементам и белок в виде остовной модели (backbone)
с раскраской по вторичной структуре. Боковые цепи белка, взимодействующие с ДНК (на расстоянии до 5 ангстрем), изображены в виде wireframe с раскраской по элементам.
Белок может связываться с ДНК по нескольким причинам. Например, с ДНК взаимодействуют белки, участвующие в транскрипции. При взаимодействии с гистонами ДНК образовывает хроматин. Также ДНК с белком могут связываться с целью переноса вирусной ДНК в ядро клетки, и т.д.