Водородные связи. Подвижность белка

После того, как структура загрузится, надо нажать две кнопки: 1. Запустить скрипт: HBonds - показывает водородные связи между атомами белка и ДНК NMR - измеряет подвижность различных атомов в ЯМР-структуре    2. Продолжить исполнение скрипта: Текст скрипта к 1-ому заданию Текст скрипта ко 2-му заданию Jmol output:

Задание 1 (скрипт HBonds)

С помощью скрипта Hbonds можно рассмотреть водородные связи между белком и молекулой ДНК, с которой он взаимодействует. Водородные связи показаны желтым цветом, остов белка серый, молекула ДНК зеленая. Между белком и связанной с ним ДНК было найдено 33 водородных связи. Водородные связи нужны для связывания белка с ДНК, что необходимо для выполнения транскрипционным фактором своих функций (регуляция транскрипции).

Задание 2 (скрипт NMR)

С помощью программы Jmol и написанного скрипта был проведен анализ данных, с целью изучить подвижность атомов в разных участках белка. Были взяты 3 аминокислотных остатка из середины альфа-спиралей и 3 аминокислоты из краевых цепей белка. Для каждого остатка были измерены параметры С-альфа атомов и концевых атомов, наиболее удаленных от центра белковой глобулы. Для шести аминокислотных остатков было измерено максимальное расстояние между положениями определенного атома в имеющихся моделях белка. Результаты представлены в Таблице 1.