Белок Elongation factor 1-alpha археи Acidilobus saccharovorans 345-15. Информация из различных баз данных
В данной работе была изучена информация о белке Elongation factor 1-alpha, содержащаяся в различных базах данных. Идентификаторы данного белка, соотнесенные с базами данных, представлены в Таблице 1.
| Таблица 1. Идентификаторы белка Elongation factor 1-alpha в базах данных Uniprot, Uniref50, RefSeq Proteins, PDB | |
|---|---|
| База данных | Идентификатор |
| Uniprot | D9Q2Q0_ACIS3 (ID) D9Q2Q0 (AC) |
| Uniref50 | UniRef50_P35021 |
| RefSeq Proteins | YP_003816619.1 (WP_013267100.1) |
| PDB | 3VMF |
Измения в записи Uniprot по сравнению с первой версией записи
Первая запись данных белка Elongation factor 1-alpha в базе данных Uniprot была сделана 05.10.2010.
На данный момент было опубликовано уже 32 версии данной записи, последнее изменение было внесено 07.01.2015.
Был изменен ID белка (с D9Q2Q0_9CREN на D9Q2Q0_ACIS3), были добавлены 34 ссылки на другие базы данных, что показано на Рис. 1.
Также можно отметить добавление ключевых слов (и удаление двух: Elongation factor, Hydrolase) и полей FT (Feature Table),
содержащих информацию о специфических особенностях белка (Рис. 2).
Рис. 1. Пример добавления ссылок на другие базы данных
Рис. 2. Добавление ключевых слов и поля FT
На Рис. 1 и Рис. 2 зеленым цветом и знаком "+" слева обозначена добавленная информация, а красным цветом со знаком "-" слева - удаленная.
Сравнение записи Uniprot о белке Elongation factor 1-alpha археи Acidilobus saccharovorans 345-15 с записями гомологочных белков из геномов других архей
Таблица сравнения записи данном белке с записями о гомологичных белках трех других архей приведена по ссылке.
Cуществование белков организмов Sulfolobus solfataricus и Aeropyrum pernix было засвидетельствовано на белковом уровне, а существование двух других (в том числе и данного мне белка) было выведено из гомологии. Для последних двух белков также отсутствуют перекрестные ссылки на базу данных PDB, а в поле Features не указано никакой информации кроме существования нуклеотидных связей. В остальном же гомологи похожи: их длины рзличаются не более чем на 2 п.н., а функции одинаковы.
Пример представления наличия дисульфидных связей в последовательности белка
Белок Inter-alpha-trypsin inhibitor из протеома домашней козы (Capra hircus (Goat)) содержит в своей структуре дисульфидные связи, что отражено в записи Uniprot в полях FT:
FT DISULFID 5 55 {ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00031}
FT DISULFID 14 38 {ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00031}
FT DISULFID 30 51 {ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00031}
FT DISULFID 61 111 {ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00031}
FT DISULFID 70 94 {ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00031}
FT DISULFID 86 107 {ECO:0000255|PROSITE-ProRule:PRU00031}