Тема 2. Белки, содержащие пирролизин
Uniprot
Окончательный запрос: annotation:(type:non_std pyrrolysine)
Число находок: 90
Промежуточные запросы представлены в Таблице 1.
| Таблица 1. Промежуточные запросы при поиске информации о белках, содержащих пирролизин | ||
|---|---|---|
| Запрос | Число находок | Комментарии к запросу |
| pyrrolysine | 1704 | Запрос не обращен к полю FT |
| annotation:(type:non_std pyrrolysine) | 90 | Искомое |
Ссылка на таблицу всех записей Uniprot о белках, содержащих пирролизин.
Пирролизин содержится в белках только cellular organisms: Archaea и Bacteria. К представителям Bacteria, сожержащим пирролизин, относятся только 6 организмов, но по ним сделано 8 записей из 90 найденных (Acetohalobium arabaticum (strain ATCC 49924 / DSM 5501 / Z-7288) и Sporomusa ovata DSM 2662 имеют по 2 записи с разными ID). Белки из остальных записей принадлежат представителям Archaea, например, Methanosarcina barkeri (strain Fusaro / DSM 804).
Всего известно 3 аннотированных и 19 неаннотированных белков, содержащих пирролизин (белки с одинаковыим и схожими названиями считали за один).
Pubmed
Поиск велся по запросу pyrrolysine[Title/Abstract] с использованием фильтра Free Full Text. Без фильтра по запросу было найдено 112 статей, а после его использования число публикаций сократилось до 50.
Информация о том, как закодирован пирролизин в белках, содержится в статье "An Asymmetric Synthesis of L-Pyrrolysine".
"Pyrrolysine is encoded by an in-frame UAG codon, which is non-terminating,
and its incorporation is mediated by a dedicated tRNA and cognate tRNA synthetase". (с)
Пирролизин кодируется внутрирамочным кодоном UAG, который не является терминирующим, и его включение опосредовано узкоспециализированной тРНК и
родственной тРНК-синтетазой.
Информация по данной теме содержится также в статье Functional context, biosynthesis, and genetic encoding of pyrrolysine. Она была найдена после применения фильтра Review (число найденных статей после этого сократилось до восьми).
Ссылка на список статей, найденных после применения фильтра Free Full Text.
Ссылка на список статей, найденных после применения фильтра Review.
PDB
Как видно из Таблицы 1 (см. выше), в базе данных PDB имеются структуры всего пяти белков, содержащих пирролизин.
Их ID: 1L2Q, 1NTH, 1TV2, 1TV3, 1TV4.
Все эти записи относятся к белкам Monomethylamine methyltransferase MtmB1.
Запрос в PDB: Simple query for a list of PDB IDs (5 IDs) : 1L2Q, 1NTH, 1TV2, 1TV3, 1TV4.
Ссылка на таблицу записей PDB о белках, содержащих пирролизин, c ID из базы данных Uniprot.