Комплексы ДНК-белок

Задание 1.

Упаражнение 1.

Для выполнения была использована программа einverted из пакета EMBOSS. Были найдены возможные комплементарные участки в последовательности исследуемой тРНК и получено наиболее близкое к реальности "выравниваине".
Параметры:
Gap penalty [12]: 2
Match score [3]: 5
Mismatch score [-4]: -2
Результат:

SEQUENCE: Score 80: 23/28 ( 82%) matches, 15 gaps 
    1 g-g-ccccatcgtctagcgg-ttaggacgcggccc-tctcaag 39       
      | | |||||  |    | ||  | | || |  ||| | ||  | 
   73 cactggggt--c----ccccttagcttg-g--gggcaaag--c 42

Видно, что даже при таких параметрах выход программы получился неинформативным, не предсказал ничего конкретного, программа работает плохо.

Упаражнение 2. Алгоритм Зукера.

Для работы был использован онлайн-сервис RNAfold, rjnjhsq реализует алгоритм Зукера. Результат представлен на Рис. 1.

Рис. 1. Результат работы программы RNAfold

Рис. 2. Таблица, сравнивающая методы (их эффективность), использованные для предсказания структуры РНК

Задание 2.

Упаражнение 2.

В задании требовалось определить полярные и неполярные группы атомов в ДНК, относительно которых смотреть наличие молекул белка. В случае полярного контакта расстояние не больше 3.5А, неполярного – 4А.
Полярные взаимодействия: O; N
Неполярные: C; P; S

Рис. 3. Результирующая таблица

Упаражнение 3. Получить популярную схему ДНК-белковых контактов с помощью программы nucplot.

Команды:
remediator --old ''1DFM.pdb'' > ''1DFM_old.pdb
nucplot 1DFM_old.pdb

a. Больше остальных с ДНК контактирует Arg192
b. Наиболее важен для определения структуры ДНК остаток, напрямую соединяющийся с азотистым основанием напрямую. Пример: 141-й серин и 140-ой аспарагин.

Упражнение 4.

На полученной схеме выбрать:

аминокислотный остаток с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК;
аминокислотный остаток, по-вашему мнению, наиболее важный для распознавания последовательности ДНК.