Изображение области связывания цепи А и цепи В белка DSBA_ECOLI

На рисунке слева изображена область контакта двух цепей моего белка. Более тонкие структуры — цепь В, более толстые — цепь А. Красными шариками изображены атомы кислорода, синими — атомы водорода, пунктирными линиями — водородные связи между ними. 2 жёлтых шарика — атомы серы, связанные серным мостиком. Также цепи связываются примерно 140 гидровобными взаимодействиями, но их сложно было указать на рисунке

Генно-инженерный проект

В генно-инженерном проэкте было сделано 2 эксперимента: замена аминокислотного остатка белка, которая может привести к потере способности связывания цепей белка, и замена аминокислотного остатка цепи А, контактирующего с цепью В, но тем не менее, предположительно, мало влияющей на способность их связывания.

В первом случае я выбрала остаток CYS 30 (А) (на рисунке он отмечен большим жёлтым шариком с надписью АА1) и предложила заменить его, к примеру, на глицин.Замена цистеина приведёт к разрыву единственного дисульфидного мостика, связывающего цепи. В результате такой замены цепи могут потерять связь друг с другом, и белок может утратить свою функцию.

Во втором случае я выбрала остаток ARG 148(A) (на рисунке он отмечен большим синим шариком с надписью АА2) и предложила заменить его на глутамин. Радикалы аргинина и глутамина имеют одинаковые функциональные группы – амидные; кроме того размер этих аминокислот практически одинаков, поэтому такая замена не должна сильно повлиять на характер и силу взаимодействия цепей.