На главную страницу второго семестра

На главную

Сравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Выравнивания из SMART

*

2

0

*

4

0

*

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

K

V

T

V

P

L

F

E

G

V

Q

K

-

T

Q

T

I

R

S

A

S

D

I

R

D

V

F

I

N

A

G

I

-

-

-

K

G

E

E

Y

D

A

A

W

N

S

F

V

V

K

S

L

V

A

Q

Q

E

:

5

3

G

S

T

K

1

_

R

A

T

_

:

K

V

S

R

E

L

W

M

R

I

W

S

R

D

E

D

I

T

E

S

Q

N

I

L

S

A

A

E

K

A

G

M

A

T

A

Q

A

Q

H

L

L

N

K

I

S

T

E

L

V

K

S

K

L

R

E

T

T

:

5

7

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

D

V

A

R

G

L

W

H

R

F

Y

A

Y

G

K

P

I

F

T

K

S

Q

V

A

E

V

L

R

D

L

H

V

-

-

K

D

V

D

E

L

V

M

M

S

D

S

A

E

V

K

N

I

L

R

E

N

T

:

5

5

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

A

Y

V

N

V

V

F

N

A

V

W

G

E

G

I

A

P

D

L

E

S

L

P

A

L

V

S

E

K

L

G

W

-

-

-

D

R

S

A

F

E

H

F

L

S

S

N

A

A

T

E

R

Y

D

E

Q

T

:

5

4

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

R

A

A

R

E

M

W

V

R

L

W

S

R

S

E

K

I

F

E

D

Q

D

F

V

E

V

L

K

A

V

G

V

-

-

K

N

P

E

Q

I

V

E

K

S

K

D

E

K

Y

I

K

I

L

M

E

N

T

:

5

5

6

5

i

v

g

2

t

6

0

*

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

K

A

A

A

D

V

Q

L

R

G

V

P

A

M

F

V

:

6

9

G

S

T

K

1

_

R

A

T

_

:

G

A

A

C

K

Y

G

A

F

G

L

P

T

T

V

A

:

7

3

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

D

E

A

I

G

N

G

C

F

G

A

P

W

M

H

I

:

7

1

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

H

A

A

I

E

R

K

V

F

G

V

P

T

M

F

L

:

7

0

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

N

K

G

V

D

L

M

A

Y

G

A

P

W

I

N

V

:

7

1

a

G

P

Выравнивание, полученное с помощью программы ClustalW

*

2

0

*

4

0

*

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

-

-

-

-

-

-

M

K

K

I

W

L

A

L

A

G

L

V

L

A

F

S

A

S

A

A

Q

Y

E

D

G

K

Q

Y

T

T

L

E

K

P

V

A

G

A

P

Q

V

L

E

F

F

S

F

F

C

:

4

9

G

S

T

K

1

_

R

A

T

:

G

P

A

P

R

V

L

E

L

F

Y

D

V

L

S

P

Y

S

W

L

G

F

E

V

L

C

R

Y

Q

H

L

W

N

I

K

L

K

L

R

P

A

L

L

A

G

I

M

K

-

D

S

G

N

Q

P

:

5

4

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

M

P

N

R

K

V

V

K

F

F

F

D

V

I

S

P

Y

S

Y

F

G

F

E

G

I

T

R

H

R

S

V

W

K

T

P

I

Q

M

K

P

F

F

F

A

G

V

V

R

H

T

E

N

P

G

L

:

5

5

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

-

-

-

-

M

I

V

D

F

Y

F

D

F

L

S

P

F

S

Y

L

A

N

Q

R

L

S

K

L

A

Q

D

Y

G

L

T

I

R

Y

N

A

I

D

L

A

R

V

K

I

A

I

G

N

V

G

P

:

5

1

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

M

P

K

L

P

R

I

D

F

Y

F

D

V

I

S

P

Y

S

Y

I

A

F

E

V

F

Q

K

L

E

T

Q

W

K

G

V

T

I

R

Y

I

P

F

F

L

G

A

V

M

K

E

S

G

N

R

P

:

5

5

6

5

d

6

s

p

s

a

6

0

*

8

0

*

1

0

0

*

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

P

H

C

Y

Q

F

E

E

V

L

H

I

S

D

N

V

K

K

K

L

P

E

G

V

K

M

T

K

Y

H

V

N

F

M

G

G

D

L

G

K

D

L

T

Q

A

W

A

V

A

M

A

L

G

V

E

:

1

0

4

G

S

T

K

1

_

R

A

T

:

P

A

M

-

V

P

H

K

G

Q

Y

I

L

K

E

I

P

L

L

K

Q

L

F

Q

V

P

M

S

V

P

K

D

F

F

G

E

H

V

K

K

G

T

V

N

A

M

R

F

L

T

A

V

S

M

E

:

1

0

8

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

P

L

R

-

I

P

I

K

E

K

Y

M

H

K

D

L

L

F

S

A

Q

Y

W

G

I

P

F

R

L

P

K

D

Y

T

N

M

M

L

N

T

S

S

I

V

P

Q

R

I

L

V

A

S

Q

L

R

:

1

0

9

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

S

N

R

D

L

K

V

K

L

D

Y

L

K

V

D

L

Q

R

W

A

Q

L

Y

G

I

P

L

V

F

P

A

N

Y

N

S

R

R

M

N

I

G

F

Y

Y

S

G

A

E

A

Q

A

A

A

Y

V

:

1

0

6

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

P

A

M

-

L

P

A

R

S

I

M

M

M

T

D

L

K

R

T

A

K

F

W

D

I

P

L

T

P

P

P

L

F

M

E

W

I

K

K

Y

R

T

T

G

A

M

K

V

L

L

V

L

Q

E

Q

:

1

0

9

p

6

6

p

p

5

a

1

2

0

*

1

4

0

*

1

6

0

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

D

K

V

T

V

P

L

F

E

G

V

Q

K

T

Q

T

I

R

S

A

S

D

I

R

D

V

F

I

N

A

G

I

K

G

E

E

Y

D

A

-

-

A

W

N

S

F

V

V

K

S

L

V

A

Q

Q

:

1

5

7

G

S

T

K

1

_

R

A

T

:

Q

P

E

M

L

E

K

V

S

R

E

L

W

M

R

I

W

S

R

D

E

D

I

T

E

S

Q

N

I

L

S

A

A

E

K

A

G

M

A

T

A

Q

A

Q

H

L

L

N

K

I

S

T

E

L

V

:

1

6

3

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

D

N

V

L

M

E

D

V

A

R

G

L

W

H

R

F

Y

A

Y

G

K

P

I

F

T

K

S

Q

V

A

E

V

L

R

D

L

H

V

K

-

-

D

V

D

E

L

V

M

M

S

D

S

A

E

V

:

1

6

2

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

N

V

V

F

N

A

V

W

G

E

G

I

A

P

D

L

E

S

L

P

A

L

V

S

E

K

L

G

W

D

R

S

A

F

E

H

F

L

S

S

N

A

A

T

E

R

Y

D

E

Q

T

H

A

A

I

:

1

6

1

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

D

K

E

L

M

L

R

A

A

R

E

M

W

V

R

L

W

S

R

S

E

K

I

F

E

D

Q

D

F

V

E

V

L

K

A

V

G

V

K

-

-

N

P

E

Q

I

V

E

K

S

K

D

E

K

Y

:

1

6

2

6

*

1

8

0

*

2

0

0

*

2

2

0

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

E

K

A

A

A

D

V

Q

L

R

G

V

P

A

M

F

V

N

G

K

Y

Q

L

N

P

Q

G

M

D

T

S

N

M

D

V

F

V

Q

Q

Y

A

D

T

V

K

Y

L

S

E

K

K

-

-

-

-

:

2

0

8

G

S

T

K

1

_

R

A

T

:

K

S

K

L

R

E

T

T

G

A

A

C

K

Y

G

A

F

G

L

P

T

T

V

A

H

V

D

G

K

-

-

T

Y

M

L

F

G

S

D

R

M

E

L

L

A

Y

L

L

G

E

K

W

M

G

P

:

2

1

6

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

K

N

I

L

R

E

N

T

D

E

A

I

G

N

G

C

F

G

A

P

W

M

H

I

T

D

G

H

G

K

V

L

Q

T

V

F

G

S

D

R

L

P

Q

V

A

D

F

L

A

E

P

F

K

G

P

:

2

1

7

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

E

R

K

V

F

G

V

P

T

M

F

L

G

D

E

M

W

W

G

N

D

R

L

F

M

L

E

S

A

M

G

R

L

C

R

Q

N

A

D

L

S

S

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

2

0

3

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

I

K

I

L

M

E

N

T

N

K

G

V

D

L

M

A

Y

G

A

P

W

I

N

V

H

T

E

D

G

-

S

E

H

S

F

F

G

S

D

R

F

H

L

I

A

D

L

L

Q

Q

P

Q

P

L

P

:

2

1

6

f

d

*

D

S

B

A

_

E

C

O

L

I

:

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

-

G

S

T

K

1

_

R

A

T

:

V

P

P

T

L

N

A

R

L

-

:

2

2

5

Y

Y

S

7

_

C

A

E

E

L

:

M

R

E

K

K

P

N

A

-

-

:

2

2

5

N

A

H

D

_

P

S

E

P

U

:

-

-

-

-

-

-

-

-

-

-

:

-

Y

S

2

1

_

C

A

E

E

L

:

D

R

L

F

G

Q

K

S

K

L

:

2

2

6

Во фрагменте из SMART 73 колонки.

Колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf нет, потому что произошёл сдвиг двух последовательностей в выравнивании (они выделены желтым цветом). Но три фрагмента (выделены оранжевым цветом) совпали на 100%.

В любом случае колонки не совпали полностью, что указывает на различичия в программах, с помощью которых производилось выравнивание.

©Гайдукова Аксиния