| * | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| D | S | B | A | _ | H | A | E | I | N | : | G | H | Q | S | E | N | L | T | R | A | W | A | L | A | M | A | L | G | : | 1 | 8 | |||||
| D | S | B | A | _ | E | C | O | L | I | : | G | D | L | G | K | D | L | T | Q | A | W | A | V | A | M | A | L | G | : | 1 | 8 | |||||
| D | S | B | A | _ | Y | E | R | P | E | : | G | P | L | G | K | Q | L | T | Q | A | W | A | V | A | M | A | L | G | : | 1 | 8 | |||||
| D | S | B | A | _ | D | I | C | D | 3 | : | G | E | L | G | K | E | L | T | Q | A | W | A | V | A | I | A | L | G | : | 1 | 8 | |||||
| D | S | B | A | _ | P | E | C | C | C | : | G | P | L | G | K | N | L | T | Q | A | W | A | V | A | M | A | L | G | : | 1 | 8 | |||||
| G | l | g | k | L | T | q | A | W | A | 6 | A | 6 | A | L | G |
| Характеристика паттерна | Паттерн | В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? | Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности | GDLGKDLTQAWAVAMALG | Белок DSBA_ECOLI, из которого был взят фрагмент, является вторым в списке. Так же встречается другой штам DSBA_ECO57 и DSBA_SHIFL | |
| Сильный | G-[HDPE]-[QL]-[SG]-[EK]-[NDQE]-L-T-[RQ]-A-W-A-[LV]-A-[MI]-A-L-G | Все 5 | |
| Слабый | G-{FWY}-X(2)-[EK]-[NDQE]-X(3)-A-W-A | Все 5 |
Составляя слабый паттерн, я заменила [HDPE] на {FWY}. Я сделала это по принципу, что все аминокислотные остатки в квадратных скобках относительно короткие и не ароматические, а в фигурных - давольно крупные и ароматические. Также я ослабила паттерн заменой нескольких скобок на X. Мне пришлось сократить длину слабого паттерна, потому что программа не выводила результатов.
Было найдено 3 последовательности с названием, явно отличающимся от названия моего белка: PQQCD_METEX, SELU_PSEF5, UXAC_BACHD.