PSI-BLAST

Поиск гомологов белка LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt

Учет особенностей аминокислотного состава (Compositional adjustments) — No adjustment (значение по умолчанию)
Фильтрование областей низкой сложности — включён (значение по умолчанию)
Максимальное значение E-value — 10 (значение по умолчанию)
Максимальное количество находок (Number of Descriptions ) - 1000.

Параметры лучших находок из бактерий и животных.

	Кол-во	E-value лучшей находки	Название лучшей находки (ID )	Процент идентичности	Длина выравнивания
Всего находок	117	5*10^-82	LGB1_LUPLU	100%	154
В бактериях (Bacteria)	36	1*10^-6	HMP_RHIME	29%	117
В Escherichia coli K-12	0
В животных(Metazoa)	26	2*10^-6	NGB_BRARE	25%	141
В человеке	3	5,8	CRNL1_HUMAN	28%	78

Среди кишечной палочки гомологов не обнаружено, зато обнаружено три возможных гомолога у человека.

Поиск гомологов с помощью программы PSI-BLAST LGB1_LUPLU (P02239) в БД SwissProt

Номер итерации	Бактерии		Животные		Характеристика лучшей находки среди белков
	Бактерии		Животные		Escherichia coli, K-12				Homo sapiens sapiens
	Кол-во	Новые	Кол-во	Новые	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания	Название	E-value	% идентичности	Длина выравнивания
1	21	+ (21)	5	+	Нет				Нет последовательностей с E-value<0.005 Нашлись последовательности только с E-value, хуже порогового: CRNL1_HUMAN	5.8	28%	78
2	38	+ (17 новых)	332	+ (327)	HMP_ECOLI (HMP_ECO57, HMP_ECOL6)	1e-29	20%	148	NGB_HUMAN	2e-19	21%	141
3	38	-	879	+	HMP_ECOLI (HMP_ECO57, HMP_ECOL6)	6e-28	20%	148	HBG2_HUMAN	8e-45	18%	150
4	38	-	884	+ (6)	cHMP_ECOLI (HMP_ECO57, HMP_ECOL6)	2e-22	20%	143	HBE_HUMAN	5e-54	17%	154
5	38	-	884	-	HMP_ECOLI (HMP_ECO57 HMP_ECOL6)	2e-22	19%	143	HBE_HUMAN	7e-54	17%	154

По результатам 5 итерации удалось обнаружить возможных гомологов среди белков человека и кишечной палочки: HBE_HUMAN и HMP_ECOLI соответственно.

1) Для решения каких задач нужно использовать PSI-BLAST?

Эта программа позволяет находить белки с далёкой степенью родства.

2) Что представляет собой первая итерация PSI-BLAST?

Первая итерация PSI-BLAST представляет собой программу BLASTp.

3) Что удалось найти в результате упражнения №2?

Удалось найти возможных гомологов LGB1_LUPLU, эволюционно очень далёких.

4) Что происходило с "лучшими находками" на разных итерациях?

Профиль PSSM меняется с каждой итерацией, следовательноо меняются и лучшие находки. С каждой новой итерацией находятся последовательности, которые лучше удовлетворяют позиционно спечифической матрице весов.

5) Возможны 2 стратегии. Первая состоит в том, чтобы на каждой итерации вести поиск по всем организмам. Вторая состоит в том, чтобы после первой итерации отфильтровать находки по интересному для Вас таксону, и затем запустить следующие итерации. Какие отличия можно ожидать в результатах?

При использовании первой стратегии будут находиться последовательности из разных таксонов.

По второй стратегии поиск будет суженным. Найденные последовательности будут гомологами в пределах одного таксона.

6) Какие остатки контактируют с гемом в "лучших находках"?

HBE_HUMAN:63(Iron (heme distal ligand))-92(Iron (heme proximal ligand))-H гистидины

LGB1_LUPLU:63 - 97- H- гистидины

HMP_ECOLI :85 - Н -гистидин

Остатки гистидина, контактирующие с гемом, сохраняются во всех последовательностях.