1 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 60 65 70 75 80 85 90 95
MKKI|WL---|-----|-----|-----|---AL|AGLVL|AFSAS|AAQYE|DGKQY|TTLEK|----P|VAGAP|QVLEF|FSFFC|PHC--|-----|-----|-YQFE|EVLH
MKTN|WFRKT|QKIWP|NTDGM|AYQPL|AWDYL|AGLVL|AFSAS|AAQYE|DGKQY|TIVQK|TLEMP|VAGAP|QVLEF|NSFFC|PHCYW|NMRSH|PWIED|SCQFE|EVLH
**..|*.---|-----|-----|-----|---.*|*****|*****|*****|*****|**..*|----*|*****|*****|.****|***--|-----|-----|-.***|****
Здесь находится вышеизложенное выравнивание в текстовом формате.
Звёздочки означают совпадение букв, точки - несовпадение, тире - гэпы.
Я старалась оптимально расставить звёздочки (чтобы их количество было наибольшим). Намеренное увеличение количества звёздочек приведёт к увеличению количества минусов, что не измения величину веса выравнивания. Возможно я была невнимательна и не заметила лучшую расстановку звёздочек. В таком случае вес последовательности может увеличиться.
Для выравнивания я использовала последовательность гомолога белка DSBA_ECOLI из генома Yersinia pestis. Эти два белка - довльно близкие родственники, поэтому совпадений достаточно много.
Здесь можно увидеть выравнивание, сделанное в программе GeneDoc.
Красные блоки - полностью совпадающие части последовательностей. Ниже можно увидеть консенсусную последовательность.