Программы выравнивания

• Построила глобальное выравнивание последовательностей DSBA_ECOLI и DSBA_YERPE с помощью программы needle. Результат сохранила в файле 1to2.needle.
• Построила локальное выравнивание последовательностей DSBA_ECOLI и DSBA_YERPE с помощью программы water. Результат сохранила в файле 1to2.water.
• Можно заметить, что вес выравниваний совпадает, что означает большое родство данных белков и не очень большую их длину.

• Построила глобальное выравнивание последовательностей DSBA_ECOLI и искусственной последовательности (2 кусочка последовательности DSBA_ECOLI) с помощью программы needle. Результат сохранила в файле 1to3.needle.
• Построила локальное выравнивание последовательностей DSBA_ECOLI и искусственной последовательности с помощью программы water. Результат сохранила в файле 1to3.water.
• Построила локальное выравнивание последовательностей DSBA_ECOLI и искусственной последовательности с помощью программы matcher с выводом трех наилучших вариантов. Результат сохранила в файле 1to3.matcher.
• Глобальное выравнивание обнаружило совпадение обоих кусочков искусственной последовательности, но верно - лишь более длинного второго кусочка. Гэп между двумя кусочками слишом большой, поэтому более короткий кусочек не совпал со своим аналогом. Локальное выравнивание с помощью программы water выявило совпадение только второго кусочка. 1 вариант, выведенный программой matcher, совпал с результатом выравнивания программы water, 2 вывел выравнивание более короткого кусочка (следовательно и его вес был меньше), а 3 вывел случайное совпадение с низким весом выравнивания.

Построила глобальные выравнивания последовательностей DSBA_ECOLI и искусственной последовательности с помощью программы needle при разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа. Значение штрафа за продолжение гэпа установила равным 1.

К сожалению, полное совпадение получилось только по второму более длинному участку. Но вне зависимости от этого вес выравнивания увеличивался с уменьшением штрафа за гэп. Это можно легко объяснить тем, что выравнивания фактически одинаковы, а различаются только велечины, которые уменьшают вес.

Построила карту локального сходства последовательностей DSBA_ECOLI и искусственной последовательности с помощью программы dotmatcher. Здесь можно увидеть карту локального сходства при размере окна = 5 и пороге на суммарный вес = 23.

При увеличении (уменьшении (до 3)) параметра размера окна соответственно увеличивается (уменьшается) длина отрезков, потому что этот параметр ответственен за количество сравниваемых амнокислотных остатков подряд.

При уменьшении (увеличении) параметра порога на суммарный вес, увеличивается (уменьшается) количество отрезков, т.к. меньший вес допускает большее количество выравниваний.