На главную страницу второго семестра

На главную

Филогенетические деревья, реконструированные разными способами

Эталонное выравнивание доменов

                                                                                                                                                     
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                        
D S B A _ E C O L I   :   K V T V P L F E G V Q K - T Q T I R S A S D I R D V F I N A G I - - - K G E E Y D A A W N S F V V K S L V A Q Q E   :   5 3
G S T K 1 _ R A T _   :   K V S R E L W M R I W S R D E D I T E S Q N I L S A A E K A G M A T A Q A Q H L L N K I S T E L V K S K L R E T T   :   5 7
Y Y S 7 _ C A E E L   :   D V A R G L W H R F Y A Y G K P I F T K S Q V A E V L R D L H V - - K D V D E L V M M S D S A E V K N I L R E N T   :   5 5
N A H D _ P S E P U   :   A Y V N V V F N A V W G E G I A P D L E S L P A L V S E K L G W - - - D R S A F E H F L S S N A A T E R Y D E Q T   :   5 4
Y S 2 1 _ C A E E L   :   R A A R E M W V R L W S R S E K I F E D Q D F V E V L K A V G V - - K N P E Q I V E K S K D E K Y I K I L M E N T   :   5 5
                                    6 5                   i                 v         g                                               2   t          
                                                                   
                            6 0                   *                
D S B A _ E C O L I   :   K A A A D V Q L R G V P A M F V   :   6 9
G S T K 1 _ R A T _   :   G A A C K Y G A F G L P T T V A   :   7 3
Y Y S 7 _ C A E E L   :   D E A I G N G C F G A P W M H I   :   7 1
N A H D _ P S E P U   :   H A A I E R K V F G V P T M F L   :   7 0
Y S 2 1 _ C A E E L   :   N K G V D L M A Y G A P W I N V   :   7 1
                              a             G   P                  

Идентификатор семейства доменов - PF01323.

Здесь можно увидеть файл Excel, в котором произведены вычисления для выведения правильной скобочной структуры получившегося дерева.

Изображения построенного дерева

Изображение, полученное с помощью программы drawtree.

Изображение, полученное с помощью программы drawgram.

Можно заметить, что левое дерево неукоренено, а правое - укоренено. Лучше отражает моё представление об этом дереве укоренённый образец, потому что существует гипотетическая общая ветвь, что гораздо более логично, чем непонятно откуда идущее неукоренённое дерево. Но левое дерево более наглядно, что делает его несколько удобнее. Можно заметить также следующее: от гипотетической общей предковой последовательности произошли последовательности DSBA_ECOLI и NAHD_PSEPU. Затем от них отделилась общая веть, которая позже разделилась ещё на две: одна из них - последовательность GSTK1_RAT, а другая разделилась на YYS7_CAEEL И YY21_CAEEL.

Дерево, построенное по методу ближайших соседей

Изображение, полученное с помощью программы drawtree.

Изображение, полученное с помощью программы drawgram.

Файл NJ.dnd, полученный в результате выравнивания, с помощью программы emma, содержит правильную скобочную структуру дерева.

При реконструкции разными методами получился одинаковый сценарий эволюции. Несмотря на то, что картинки несколько отличаются,немного видоизменив, их можно привести к одинаковому виду. Левые деревья отличаются лишь расоложением ветвей по кругу, а правые - ещё и общей структурой.

©Гайдукова Аксиния