Отчёт по зачётному заданию. 3.10.06 Гайдукова Аксиния.

Я выбрала программу BlastX, потому что нашей задачей был поиск гомологов белка в 
нуклеотидных последовательностях.

Использованные команды:

formatdb -i salty_proteome.fasta -n aa -p T
blastall -p blastx -d aa -i aaa.fasta -o 11.txt

Гипотетические гены во фрагменте 1-7000: 

3'--[<=ген STM2959, 385-1239]--[<=ген gudD, 1593-2930]--[<=ген ygcY, 2951-4288]--5'
5'-------------------------------------------------------------------------------3'

3'--[<=ген gudT, 4294-5643]----[<=ген STM2963, 6118-6558]--5'
5'---------------------------------------------------------3'

Я выбрала из предложенного мне списка конкретно эти последовательности, потому что их выравнивания
с наиболее хорошими Identify и e-value.
                                                                                     
Гипотетические гены в геноме организма-прототипа:

3'--[<=ген gudT, 13922-15070]--[<=ген ygcY, 15142-16494]--[<=ген gudD, 16503-17843]--------5'
5'-----------------------------------------------------------------------------------------3'

3'--[<=ген STM2959, 17840-19211]--[<=ген STM2963, 19679-20144]--5'
5'--------------------------------------------------------------3'

Можно легко заметить, что расположение генов в моём фрагменте генома бактерии Klebsiella pneumoniae
и в геноме организма-прототипа очень разное.