Банк EMBL

• Сравнение разных записей в EMBL

  В документе SwissProt, описывающем мой белок, я нашла все ссылки на банк EMBL.

  C помощью SRS получила информацию, необходимую для заполнения следующей таблицы. Записей было очень много, поэтому я ограничилась первыми десятью.

  Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
  U00096	genomic DNA	STD	PRO	23-FEB-2006	Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.	4639675
  L19201	genomic DNA	STD	PRO	31-AUG-1993	E. coli chromosomal region from 87.2 to 89.2 minutes.	96484
  M77746	genomic DNA	STD	PRO	27-FEB-1992	E.coli protein required for disulfide bond formation in vivo gene, complete cds.	675
  U35817	genomic DNA	STD	PRO	04-DEC-1995	Escherichia coli thiol:disulfide interchange protein DsbA mutant PH31/32TR (dsbA) gene, complete cds.	627
  U35818	genomic DNA	STD	PRO	04-DEC-1995	Escherichia coli thiol:disulfide interchange protein DsbA mutant PH31/32TR (dsbA) gene, complete cds.	627
  U35819	genomic DNA	STD	PRO	04-DEC-1995	Escherichia coli thiol:disulfide interchange protein DsbA mutant PH31/32TR (dsbA) gene, complete cds.	627
  U35820	genomic DNA	STD	PRO	04-DEC-1995	Escherichia coli thiol:disulfide interchange protein DsbA mutant PH31/32TR (dsbA) gene, complete cds.	627
  U35821	genomic DNA	STD	PRO	04-DEC-1995	Escherichia coli thiol:disulfide interchange protein DsbA mutant PH31/32TR (dsbA) gene, complete cds.	627
  X63186	genomic DNA	STD	PRO	04-DEC-1991	E.coli ppfA gene	2192
  X80762	genomic DNA	STD	PRO	04-APR-1995	E.coli dsbA gene, orfA and orfB	4444

  Из таблицы можно сделать вывод, что все молекулы являются геномами в ДНК, все они из одного класса данных и одного раздела EMBL.

  Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

  На основании результатов упр.1. я выбрала 2 записи для дальнейшего изучения. Получила эти записи EMBL.

  Последовательности, кодирующие белок DSBA_ECOLI в двух записях банка EMBL

  	I	II
  ID записи	U35817	U35818
  Начало гена в записи	1	1
  Конец гена в записи	627	627
  Направление гена	прямое	прямое

  Последовательности совпали на 99.5%.

  Различия в последовательностях:

  	I	II	III
  Позиция от начала кодирующей последовательности	148	150	152
  Нуклеотид в первом варианте	с	g	c
  Нуклеотид во втором варианте	a	t	g
  Позиция в кодоне	1	3	2
  Синонимична ли замена	Pro-Thr нет	Pro-Thr нет	Pro-Arg нет

  Знакомство с записью гена из эукариотического генома

  Схематичное изображение структуры транслируемых участков гена G6F.

  Ген на комплементарной цепи

      <--[233605..233675]--...--[240724..240877]---
  

  Общее число экзонов в гене - 5.