Программы пакета BLAST

• Создание индексных файлов для работы с локальными версиями программ семейства BLAST

  В данной работе был использован полный геном синегнойной палочки (Pseudomonas aeruginosa) для группы. Я создала в своей рабочей директории индексные файлы пакета BLAST для поиска по заданному геному.

• Поиск в неаннотированном геноме генов, кодирующих белки, похожие на заданный Моей задачей было определить, не закодированы ли белки, похожие на мой белок DSBA_ECOLI, в неаннотированном геноме другого организма,
  
  Я выбирала для решения данной задачи программу TBLASTN из пакета BLAST и провела с ее помощью поиск.

  Были использованы следующие команды:

  formatdb -i pa_genome.fasta -n ww -p F
  blastall -p tblastn -d ww -i DSBA_ECOLI.fasta -o pa_tblastn.txt
  Файл с результатами находится здесь.

  По результатам поиска заполнила таблицу:
  
  

  Поиск гомологов DSBA_Ecoli		Геном Pseudomonas aeruginosa
  Характеристика лучшей находки:
  	E-value находки	5e-18
  	координаты выравнивания(-ий) в записи генома	9506-8982 (complement.)
  AC соответствующей записи EMBL		AE004961
  	Координаты CDS в записи EMBL (если они есть)	Координаты недоступны
  	AC UniProt в записи EMBL (если есть)	нет
  Число находок с Е-value<0,01		1

  
  

• Аналогичный поиск сразу в нескольких геномах

  С помощью выбранной ранее программы я провела поиск по трем геномам.

  E-value лучшей находки	7e-54
  Число находок с Е-value<0,01	3

  Похожие последовательности были найдены во всех трёх геномах. Лучшая находка была в геноме Pasteurella multocida. А худшая из трёх предложенных - в геноме ранее исследованной Pseudomonas aeruginosa. Но e-value изменилась. В результате поиска по трём геномам она стала 1e-17, т.е. ухудшилась.

  Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

  При поиске гомологов гена U35817 в трёх геномах я воспользовалась программой BLASTN. E-value лучшей находки - 0.099.

  Cоответствующее выравнивание:

  127  gagtttttctctttcttctgcccgccctgt 156 
       ||||||||||| |||| |||||||| ||||     
  3349 gagtttttctcattctactgcccgcactgt 3320

  Aннотация соответствующего фрагмента генома:

  Расположен в гене VC0034 в организме Vibrio cholerae.

  product          thiol:disulfide interchange protein