Аминокислотный остаток, находящийся в 4-ой позиции белка DSBA_ECOLI - Изолейцин. Соответствующий ему кодон в гене - ATT.
| Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка DSBA_ECOLI | I (изолейцин) |
| Соответствующий кодон в гене | 5'-AUU-3' |
| Идеальный антикодон | 5'-AAT-3' |
| Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка I, если опираться на генетический код? | 3 |
| Сколько разных тРНК для остатка I аннотировано в геноме кишечной палочки? | 2 |
| Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК: | |
| имя гена | ileV |
| локализация гена в геноме | locus_tag="b0202" 225381..225457 |
| распознаваемый кодон | AUY |
| антикодон | GAU |
|
Результат поиска всех изолейциновых
тРНК у Escherichia coli K-12 5197:FT /note="codons recognized: AUY; anticodon: GAU isoleucine 62765:FT /note="codon recognized: AUA; anticodon: CAU; isoleucine 72453:FT /note="codon recognized: AUA; anticodon: CAU; isoleucine 77219:FT /note="codons recognized: AUY; anticodon: GAU isoleucine 91049:FT /note="codons recognized: AUY; anticodon: GAU isoleucine |
|
Задача — найти в геноме Bacillus subtilis последовательность, наиболее похожую на последовательность тРНК из E.coli, выбранную в упр. 1. Поиск надо провести с помощью 4-х разных программ для быстрого поиска сходных нуклеотидных последовательностей.
| Программа | FASTA | BLASTN | MegaBLAST | discontiguous MegaBLAST |
| Длина якоря | 6 | 11 | 28 | 11(12) |
| Результаты поиска | Полный геном. Был найден только один ген. Три других выравнивания не несут никакой ценности. | Был найден полный геном Bacillus subtilis AL009126 (Bacillus subtilis (strain 168) chromosome, complete sequence). | Ничего не найдено | Снова был найден полный геном, но вместо 3 выравниваний в файле было 7 |
| Число находок с E-value < 0,01 | 1 | 1, в том числе 3 гена | 1 | |
| Характеристика лучшей находки: | ||||
| E-value | 1e-22 | 2e-23 | 2e-23 | |
| длина выравнивания | Полезное выравнивание составляет 77 нуклеотидов, но программа забивает оставшееся место нуклеотидами (причём все записаны большими буквами) до и после найденного гена, поэтому визуально выравнивание занимает 180 нуклеотидов | 72 во всех случаях | 72 в первых 3 случаях 21 15 10 |
|
| вес выравнивания | 326 | 103 103 87,7 |
103 103 87,7 28.2 24.3 22.3 22.3 |
|
| координаты в геноме | 11462-11538 | 31930-32006, 11462-11538, 3171278-3171202 | 31930-32006, 11462-11538, 3171278-3171202, 3171989-3171968, 3171953-3171938, 3172685-3172675, 951597-951607 | |
| Аннотация лучшей находки по записи EMBL: | ||||
| имя гена | trnO-Ile | trnA-Ile, trnO-Ile, trnB-Ile2 | trnA-Ile, trnO-Ile, trnB-Ile2 | |
| это тРНК? | Да | Да | Да | |
| это тоже изолейциновая тРНК? | Да | Да | Да | |
MegaBLAST ничего не нашёл из-за того, что в этой программе используется очень большой якорь. Остальные же успешно справились с заданием.
Программа discontiguous MegaBLAST выдала 7 выравниваний, но смысл имеют только 3 первых.