Поиск нужного термина в словарях GO
- Заданное описание локализации - рибосома (ribosome).
Было найдено 23 результата для ribosome в полях term name, synonyms.
- Выбранный термин GO - ribosome; его идентификатор - GO:0005840
- Название онтологии GO и его перевод на русский - Ontology cellular component (клеточный компонент (органоид))
- Определение термина (в переводе на русский):
Внутриклеточный органоид, приблизительно 200 в диаметре, состоит из РНК и белка. Участвует в биосинтезе белка, транслируя мРНК. Состоит из двух субъединиц (большой и малой), каждая содержит только белок и РНК. Каждая рибосома и её субъединица характеризуется своим коэффициентом седиментации, выраженным в единицах Svedberg (символ: S). Таким образом, прокариотическая рибосома (70S) включает большую (50S) субъединицу и малую (30S) субъединицу, в то время как эукариотическая рибосома (80S) включает большую (60S) субъединицу и малую (40S) субъединицу. Два участка на рибосомной большой субъединице участвуют в трансляции, а именно, аминоацильный участок (A site) и пептидильный участок (P site). Рибосомы из прокариот, эукариот, митохондрий, и хлоропластов имеют отличные рибосомные белки. [источник: ISBN:0198506732]
Описание функции конкретного белка с помощью GOA
AC UniProt заданного белка P0AEG4
| Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | |
| Где? | component | 1 | периплазматическое пространство |
| Зачем, для чего? | process | 1 | клеточный окислительно-восстановительный гомеостаз |
| Молекулярный механизм? | function | 4 | нуклеотидное связывание, активность переноса электронов, окидоредуктазная активность, воздействующая на дисульфидные мостики |
| Специфичность? | function | 0 |
Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)
- Тренировка
- Идентификаторы GO написаны в поле DBxref_
- a. P15650 - Mitochondrion
- b. P70618,O08594,Q99MG4 Nuclear protein
- c. все термины присвоены по ISS - не найдено.
Задание
Оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белки группы Arabidopsis thaliana рибосома.
Протеом Arabidopsis thaliana. Результаты поиска в UniProt, 17.03.2007 г.
| Количество записей | Запрос | |
| Всего | 50160 | (([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) ; |
| С идентификаторами всех 3-х онтологий GO | 5640 | ((([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO F: C: P:*])) |
| В том числе с рибосомой | 254 | (((([uniprot-Species:Arabidopsis*] & [uniprot-Species:thaliana*]) | [uniprot-Species:Arabidopsis thaliana*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO C: F: P:*])) & ((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*ribosome*]) | [uniprot-DBxref_:GO C: *ribosome*])) |
| В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) | 0 | DBxref_: IDA:|TAS:!IMP:!IGI:!IPI:!RCA:!ISS:!IEP:!NAS:!IEA:!IC:!ND: |
| В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 0 | DBxref_: IDA:|TAS: |
В процессе выполнения задания я добавляла к уже сделанному поиску дополнительные запросы. В четвёртом и пятом запросах необходимо было снять галочку напротив поля Use wildcards и/или после каждого кода поставить двоеточие, чтобы находились только строгие соответствия с названиями кодов, а не просто слова, в которых есть такие сочетания букв.
Удивительным мне показался тот факт, что не было найдно ни одного результата ни с функцией IDA, ни с функцией TAS. Основня часть найденных результатов по третьему поиску имеет функцию IEA, то есть данные получены с помощью электронной аннотации. Это возможно, хоть и кажется мне маловероятным. Но я провела несколько поисков и это так же не привело ни к каким результатам.