Мембранные белки

• Построение парного выравнивания исследуемого белка и заданного прототипа

  С помощью сервера SRS я получила последовательности для белков A1JI04 и P0AER0 (1LDF).

  Последовательности БД PDB (1LDF) и БД UniProt (P0AER0) белка-прототипа практически совпадают - различие в 1 аминокислоте, которая выделена на выравнивании красным цветом. Нумерация остатков совпадает.

  *

  2

  0

  *

  4

  0

  *

  6

  0

  *

  8

  0

  1

  L

  D

  F

  :

  M

  S

  Q

  T

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  G

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  V

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  V

  I

  F

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  L

  T

  A

  G

  V

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  K

  R

  K

  V

  I

  :

  8

  7

  P

  0

  A

  E

  R

  0

  :

  M

  S

  Q

  T

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  G

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  V

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  V

  I

  W

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  L

  T

  A

  G

  V

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  K

  R

  K

  V

  I

  :

  8

  7

  M

  S

  Q

  T

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  G

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  V

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  V

  I

  5

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  L

  T

  A

  G

  V

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  K

  R

  K

  V

  I

  *

  1

  0

  0

  *

  1

  2

  0

  *

  1

  4

  0

  *

  1

  6

  0

  *

  1

  L

  D

  F

  :

  P

  F

  I

  V

  S

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  Y

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  F

  D

  F

  E

  Q

  T

  H

  H

  I

  V

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  V

  D

  L

  A

  G

  T

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  N

  F

  V

  Q

  A

  F

  A

  V

  E

  M

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  G

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  V

  P

  :

  1

  7

  4

  P

  0

  A

  E

  R

  0

  :

  P

  F

  I

  V

  S

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  Y

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  F

  D

  F

  E

  Q

  T

  H

  H

  I

  V

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  V

  D

  L

  A

  G

  T

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  N

  F

  V

  Q

  A

  F

  A

  V

  E

  M

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  G

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  V

  P

  :

  1

  7

  4

  P

  F

  I

  V

  S

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  Y

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  F

  D

  F

  E

  Q

  T

  H

  H

  I

  V

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  V

  D

  L

  A

  G

  T

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  N

  F

  V

  Q

  A

  F

  A

  V

  E

  M

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  G

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  V

  P

  1

  8

  0

  *

  2

  0

  0

  *

  2

  2

  0

  *

  2

  4

  0

  *

  2

  6

  0

  1

  L

  D

  F

  :

  R

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  L

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  A

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  T

  A

  M

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  V

  F

  A

  W

  L

  A

  G

  W

  G

  N

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  V

  P

  L

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  I

  V

  G

  A

  F

  A

  Y

  R

  K

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  P

  C

  :

  2

  6

  1

  P

  0

  A

  E

  R

  0

  :

  R

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  L

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  A

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  F

  A

  M

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  V

  F

  A

  W

  L

  A

  G

  W

  G

  N

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  V

  P

  L

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  I

  V

  G

  A

  F

  A

  Y

  R

  K

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  P

  C

  :

  2

  6

  1

  R

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  L

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  A

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  A

  M

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  V

  F

  A

  W

  L

  A

  G

  W

  G

  N

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  V

  P

  L

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  I

  V

  G

  A

  F

  A

  Y

  R

  K

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  P

  C

  *

  2

  8

  0

  1

  L

  D

  F

  :

  D

  I

  C

  V

  V

  E

  E

  K

  E

  T

  T

  T

  P

  S

  E

  Q

  K

  A

  S

  L

  :

  2

  8

  1

  P

  0

  A

  E

  R

  0

  :

  D

  I

  C

  V

  V

  E

  E

  K

  E

  T

  T

  T

  P

  S

  E

  Q

  K

  A

  S

  L

  :

  2

  8

  1

  D

  I

  C

  V

  V

  E

  E

  K

  E

  T

  T

  T

  P

  S

  E

  Q

  K

  A

  S

  L

  Далее я построила парное выравнивание с помощью программы needle:

  needle A1JI04.fasta 1LDF.fasta rez.msf -aformat3 msf

  Таким образом я получила файл, который можно импортировать в GeneDoc.

  Все параметры для глобального выравнивания были оставлены "по умолчанию":

  Gap opening penalty [10.0], Gap extension penalty [0.5]

  Процент идентичности (Identity) полученного выравнивания - 82.7%

  Процент сходства (Similarity) полученного выравнивания - 91.5%

  5/284 ( 1.8%) Gap

  Полученное выравнивание:

  *

  2

  0

  *

  4

  0

  *

  6

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  M

  S

  Q

  T

  A

  S

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  A

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  L

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  I

  I

  W

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  :

  5

  9

  1

  L

  D

  F

  :

  M

  S

  Q

  T

  -

  -

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  G

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  V

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  V

  I

  F

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  :

  5

  7

  M

  S

  Q

  T

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  6

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  6

  I

  5

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  0

  *

  8

  0

  *

  1

  0

  0

  *

  1

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  L

  T

  A

  A

  I

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  R

  R

  K

  V

  L

  P

  Y

  I

  V

  A

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  F

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  I

  D

  F

  E

  :

  1

  1

  8

  1

  L

  D

  F

  :

  L

  T

  A

  G

  V

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  K

  R

  K

  V

  I

  P

  F

  I

  V

  S

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  Y

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  F

  D

  F

  E

  :

  1

  1

  6

  L

  T

  A

  6

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  4

  R

  K

  V

  6

  P

  5

  I

  V

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  5

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  D

  F

  E

  2

  0

  *

  1

  4

  0

  *

  1

  6

  0

  *

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  Q

  T

  H

  Q

  I

  A

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  L

  N

  L

  A

  G

  I

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  S

  V

  F

  Q

  A

  F

  L

  V

  E

  T

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  C

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  I

  P

  R

  :

  1

  7

  7

  1

  L

  D

  F

  :

  Q

  T

  H

  H

  I

  V

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  V

  D

  L

  A

  G

  T

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  N

  F

  V

  Q

  A

  F

  A

  V

  E

  M

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  G

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  V

  P

  R

  :

  1

  7

  5

  Q

  T

  H

  I

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  6

  1

  L

  A

  G

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  Q

  A

  F

  V

  E

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  6

  P

  R

  1

  8

  0

  *

  2

  0

  0

  *

  2

  2

  0

  *

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  I

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  G

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  F

  A

  L

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  L

  F

  A

  Y

  F

  A

  G

  W

  G

  E

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  :

  2

  3

  6

  1

  L

  D

  F

  :

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  L

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  A

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  T

  A

  M

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  V

  F

  A

  W

  L

  A

  G

  W

  G

  N

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  :

  2

  3

  4

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  6

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  A

  6

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  6

  F

  A

  5

  A

  G

  W

  G

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  2

  4

  0

  *

  2

  6

  0

  *

  2

  8

  0

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  V

  P

  I

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  L

  V

  G

  A

  F

  G

  Y

  R

  A

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  P

  C

  D

  V

  C

  V

  A

  D

  D

  E

  E

  T

  T

  V

  T

  T

  T

  E

  R

  K

  A

  ~

  ~

  :

  2

  8

  2

  1

  L

  D

  F

  :

  V

  P

  L

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  I

  V

  G

  A

  F

  A

  Y

  R

  K

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  P

  C

  D

  I

  C

  V

  V

  E

  E

  K

  E

  T

  T

  -

  T

  P

  S

  E

  Q

  K

  A

  S

  L

  :

  2

  8

  1

  V

  P

  6

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  6

  V

  G

  A

  F

  Y

  R

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  P

  C

  D

  6

  C

  V

  E

  T

  T

  T

  3

  E

  K

  A

  Выравнивание, сохранённое в GeneDoc

• Разметка мембранных сегментов на выравнивании

  В БД OPM указаны 8 мембранных сегментов для белка-прототипа:

  1(11-31), 2(41-59), 3(69-75), 4(86-107), 5(145-166), 6(179-195), 7(204-216), 8(233-251)

• Предсказание топологии заданного белка с помощью наиболее популярной программы (TMHMM)

  Страничка с результатом предсказания

  *

  2

  0

  *

  4

  0

  *

  6

  0

  *

  8

  0

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  M

  S

  Q

  T

  A

  S

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  A

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  L

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  I

  I

  W

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  L

  T

  A

  A

  I

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  R

  R

  K

  :

  8

  7

  1

  L

  D

  F

  :

  M

  S

  Q

  T

  -

  -

  S

  T

  L

  K

  G

  Q

  C

  I

  A

  E

  F

  L

  G

  T

  G

  L

  L

  I

  F

  F

  G

  V

  G

  C

  V

  A

  A

  L

  K

  V

  A

  G

  A

  S

  F

  G

  Q

  W

  E

  I

  S

  V

  I

  F

  G

  L

  G

  V

  A

  M

  A

  I

  Y

  L

  T

  A

  G

  V

  S

  G

  A

  H

  L

  N

  P

  A

  V

  T

  I

  A

  L

  W

  L

  F

  A

  C

  F

  D

  K

  R

  K

  :

  8

  5

  O

  P

  M

  :

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  :

  4

  7

  T

  M

  H

  M

  M

  :

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  :

  4

  3

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  1

  0

  0

  *

  1

  2

  0

  *

  1

  4

  0

  *

  1

  6

  0

  *

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  V

  L

  P

  Y

  I

  V

  A

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  F

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  I

  D

  F

  E

  Q

  T

  H

  Q

  I

  A

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  L

  N

  L

  A

  G

  I

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  S

  V

  F

  Q

  A

  F

  L

  V

  E

  T

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  C

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  :

  1

  7

  4

  1

  L

  D

  F

  :

  V

  I

  P

  F

  I

  V

  S

  Q

  V

  A

  G

  A

  F

  C

  A

  A

  A

  L

  V

  Y

  G

  L

  Y

  Y

  N

  L

  F

  F

  D

  F

  E

  Q

  T

  H

  H

  I

  V

  R

  G

  S

  V

  E

  S

  V

  D

  L

  A

  G

  T

  F

  S

  T

  Y

  P

  N

  P

  H

  I

  N

  F

  V

  Q

  A

  F

  A

  V

  E

  M

  V

  I

  T

  A

  I

  L

  M

  G

  L

  I

  L

  A

  L

  T

  D

  D

  G

  N

  G

  :

  1

  7

  2

  O

  P

  M

  :

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  :

  9

  1

  T

  M

  H

  M

  M

  :

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  :

  8

  9

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  1

  8

  0

  *

  2

  0

  0

  *

  2

  2

  0

  *

  2

  4

  0

  *

  2

  6

  0

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  I

  P

  R

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  I

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  G

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  F

  A

  L

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  L

  F

  A

  Y

  F

  A

  G

  W

  G

  E

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  V

  P

  I

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  L

  V

  G

  A

  F

  G

  Y

  R

  A

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  :

  2

  6

  1

  1

  L

  D

  F

  :

  V

  P

  R

  G

  P

  L

  A

  P

  L

  L

  I

  G

  L

  L

  I

  A

  V

  I

  G

  A

  S

  M

  G

  P

  L

  T

  G

  T

  A

  M

  N

  P

  A

  R

  D

  F

  G

  P

  K

  V

  F

  A

  W

  L

  A

  G

  W

  G

  N

  V

  A

  F

  T

  G

  G

  R

  D

  I

  P

  Y

  F

  L

  V

  P

  L

  F

  G

  P

  I

  V

  G

  A

  I

  V

  G

  A

  F

  A

  Y

  R

  K

  L

  I

  G

  R

  H

  L

  :

  2

  5

  9

  O

  P

  M

  :

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  :

  1

  4

  0

  T

  M

  H

  M

  M

  :

  +

  +

  +

  +

  +

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  -

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  H

  +

  +

  +

  +

  :

  1

  3

  5

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  2

  8

  0

  A

  1

  J

  I

  0

  4

  :

  P

  C

  D

  V

  C

  V

  A

  D

  D

  E

  E

  T

  T

  V

  T

  T

  T

  E

  R

  K

  A

  ~

  ~

  :

  2

  8

  2

  1

  L

  D

  F

  :

  P

  C

  D

  I

  C

  V

  V

  E

  E

  K

  E

  T

  T

  -

  T

  P

  S

  E

  Q

  K

  A

  S

  L

  :

  2

  8

  1

  O

  P

  M

  :

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  :

  -

  T

  M

  H

  M

  M

  :

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  +

  -

  -

  :

  -

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  *

  Готовое выравнивание в виде текстового файла формата Clustal

• Оценка качества предсказания

  	Число а.к. остатков
  Всего а.к. остатков	282
  Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего)	135
  Правильно предсказали (true positives, TP)	113
  Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP)	22
  Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN)	120
  Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN)	27
  Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN)	0.81 = 81%
  Специфичность (specificity) =  TN / (TN+FP)	0.845 = 84.5%
  Точность (precision) = TP / (TP+FP)	0.84 = 84%
  Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP)	0.16 = 16%
  Недопредсказание = FN / (TN+FN)	0.18 = 18%

  Не сложно заметить, что точность и сверхпредсказание являются противоположными понятиями (в сумме составляют 1). Чем больше точность, тем меньше сверхпредсказание, и наоборот. В моём случае точность достаточно велика (84%). Чувствительность (процент предсказания нужной информациии) и специфичность (процент правильного непредсказания) соответственно 81% и 84.5%. На мой взгляд, качество предсказания достаточно высокое.

Дополнительные упражнения

• Проверка, выполняется ли правило фон Хейне в структуре белка-прототипа (по данным ОРМ) и в топологии, предсказанной ТMHMM

  На последнем выравнивании красными плюсиками отмечена локализация петель, обращенных в сторону цитоплазмы.

  Из 281 а.о. в последовательности белка-прототипа остатки аргинина и лизина встречаются 15 раз. Значит среднее распределение этих остатков = 0.0534.

  По данным ОРМ на участках петлель, обращенных в сторону цитоплазмы, остатки аргинина и лизина встречаются 7 раз из общего числа остатков 94. Значит распределение этих остатков на участках петлель, обращенных в сторону цитоплазмы = 0.0745, что больше среднего распределения. Из этого следует, что правило фон Хейне выполняется.

  Из 282 а.о. в последовательности исследуемого белка остатки аргинина и лизина встречаются 14 раз. Значит среднее распределение этих остатков = 0.0496.

  По данным ТMHMM на участках петлель, обращенных в сторону цитоплазмы, остатки аргинина и лизина встречаются 8 раз из общего числа остатков 68. Значит распределение этих остатков на участках петлель, обращенных в сторону цитоплазмы = 0.1176, что тем более больше среднего распределения. Из этого следует, что правило фон Хейне выполняется и для данных ТMHMM.