Практикум 11.Гомология, выравнивание, Pfam

1&2 Описание семейства доменов

ID: TGT_C2
AC: PF14810

Функция: трансгликозилаза археозина тРНК-гуанина катализирует обмен гуанина на 15-й позиции D-петли тРНК архей на свободное основание 7-циано-7-деазагуанин в качестве первого шага в биосинтезе специфичного для архей основания археозина (Ishitani et a., 2002).

Данное семейство представлено восьмью архитектурами, в т.ч.

1. W0JJ72_9EURY: 120 белков; состав: TGT, DUF5591, TGT_C2, PUA
2. T0LQ19_9ARCH: 39 белков; состав: TGT, TGT_C2, PUA

Для белка ATGT_PYRHO известна 3D структура.

Все белки принадлежат археям. 122 вида неохарактеризованному царству и 132 вида царству без названия.

Дата создания HMM профиля: 15.10.2021; число позиций: 71

3 Карта локального сходства двух белков с разной архитектурой

**Рисунок 1.** Карта локального сходства двух белков с доменом из одного семейства и разной доменной архитектурой

По результату локального выравнивания двух последовательностей с разными архитектурами, а именно D4GTN6 состава TGT, DUF5591, TGT_C2, PUA и Q5JHG7 состава DUF5591, TGT_C2, PUA можно предположить, что в процессе эволюции происходили множественные делеции или вставки. Также, инетресно наличие сходства в первых сотнях позиций у этих двух последовательностей. Хотя, согласно схеме архитектуры, у Q5JHG7 отсутсвует домен TGT. Возможно, именно из-за большого кол-ва инделей Pfam относит эти последовательности к разным архитектурам. Дополнительные диагонали свидетельствуют о наличии повторяющихся участков в последовательностях.

4 Выделение доменов Pfam по множественному выравниванию

Проект Jalview с множественным выравниванием seed.
1я группа (голубая): Q10, S45, R53, D77, L90
2я группа (рыжая): A7, D8, Y9, G14, A15, G16, Q69, L70, A71, Q76, Y77, G78, L80, G86, S93
3я группа (фиолетовая): I7, A8, N36, E42, R51, I52, V55, Y56, N66, G67, A70, L79, Y85, A87, S88, L89

5 Таблица со всеми белками из Uniprot с доменом семейства Pfam

Таблица результатов поиска в Uniprot

ИСТОЧНИКИ

Ishitani R, Nureki O, Fukai S, Kijimoto T, Nameki N, Watanabe M, Kondo H, Sekine M, Okada N, Nishimura S, Yokoyama S. Crystal structure of archaeosine tRNA-guanine transglycosylase. J Mol Biol. 2002 May 3;318(3):665-77. doi: 10.1016/S0022-2836(02)00090-6. PMID: 12054814.