Практикум 15. Сборка de novo

Задание 1

В этом практикуме я работала с SRA ID SRR4240379. После удаления остатков адаптеров было отброшено 1.76% ридов. Размер файла уменьшился на 2 Мб (167>165). После этого, с конца ридов были удалены основания, с качество иниже 20, а также отброшены риды короче 32. Кол-во чтений упало еще на 4.07%, а размер файла стал равен 156 Мб.

Задание 3

N50: 25646

Длины контигов и покрытия: 49912 и 35.907237, 49262 и34.772177, 33085 и 36.259030.

Среди контигов встретились в том числе: 408 с длиной 1 и покрытием 1, 133 с длиной 1 и покрытием 474299.

Задание 4

Три самых длинных контига я выравнила с помощью алгоритма megablast. Результаты и характеристики выравниваний представлены ниже.

Контиг 6

**Таблица 2.** Выравнивание контига 6 с хромосомой *Buchnera aphidicola*
Участок	Процент идентичности	Процент гэпов
127825...140555	75%	4%
153752...161738	78%	3%
144368...151796	78%	3%
161898...166752	80%	2%
166750...173180	76%	2%

**Рисунок 1.** Карта локального сходства контига 6 с хромосомой *Buchnera aphidicola*

Контиг 9

**Таблица 2.** Выравнивание контига 9 с хромосомой *Buchnera aphidicola*
Участок	Процент идентичности	Процент гэпов
500370...508806	76%	4%
510438...516539	79%	2%
523105...528679	77%	3%
481997...488106	74%	4%
517766...521500	77%	2%
496111...500325	75%	3%
493487...494864	80%	0%
480874...481545	82%	2%
528794...529211	84%	6%
495033...495148	90%	4%

**Рисунок 2.** Карта локального сходства контига 9 с хромосомой *Buchnera aphidicola*

Контиг 5

**Таблица 3.** Выравнивание контига 5 с хромосомой *Buchnera aphidicola*
Участок	Процент идентичности	Процент гэпов
467412...474667	77%	2%
462496...467421	77%	3%
474844...480660	74%	4%
451729...454069	77%	2%

**Рисунок 3.** Карта локального сходства контига 5 с хромосомой *Buchnera aphidicola*