Практикум 3. Сравнительный анализ канонической ДНК и стеблей тРНК

Задание 1

В этом задании нужно было построить модели структур A-, B- и Z-формы ДНК с помощью инструментов пакета 3DNA. Файлы с результатами:

А ДНК

B ДНК

Z ДНК

Задание 2

Я выбрала экспериментальную структуру 3v9d (А-форма). Мне задано основание тимин, распределение атомов по бороздкам приведено на рисунке:

**Рисунок 1.** Тимин. Красные атомы смотрят в сторону большой бороздки, синие - в сторону малой.

В сторону большой бороздки обращены атомы [DT]7:A.O4, [DT]7:A.C4, [DT]7:A.C5, [DT]7:A.C7

В сторону малой бороздки обращены атомы [DT]7:A.N1, [DT]7:A.C2, [DT]7:A.O2

Атомы [DT]7:A.N3 и [DT]7:A.C6 нельзя приписать к одной из бороздок

**Таблица 1.** Сравнение форм ДНК
Форма	A	B	Z
Тип спирали	Правая	Левая	Левая
Шаг спирали, (Å)	27.68	33.61	43.5
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки	11.36 [DC]3:A.P-[DG]6:B.P	17.21 [DT]31:B.P-[DT]7:A.P	9.87 [DG]13:A.P-[DC]32:B.P
Ширина малой бороздки	16.81 [DA]10:A.P-[DG]25:B.P	13.21 [DA]5:A.P–[DG]24:B.P	12.34 [DG]2:A.P-[DG]12:B.P

Задание 3

С помощью программ из пакета 3DNA был получен файл 1i9v_old.out. По его содержанию можно определить примерные координаты стеблей: 1-7 и 72-66; 49-53 и 65-61; 40-44 и 30-26; 10-13 и 25-22.

Неканонические пары: 4.G-69.U; 54.t-58.A; 36.A-33.U; 38.A-32.C; 44.A-26.G; 14.A-8.U; 15.G-48.C

Дополнительные водородные связи в тРНК: 54.t-58.A; 36.A-33.U; 38.A-32.C; 14.A-8.U; 15.G-48.C; 19.G-56.A