Практикум 4. Комплексы ДНК-белок

Задание 1

С помощь программ einverted из пакета EMBOSS, позволяющей найти инвертированные участки в структуре тРНК, и с помощью ViennaRNA, использующей алгоритм Зукера, я попыталась предсказать вторичную структуру тРНК

Рисунок 1. Вторичная структура тРНК по результатам работы ViennaRNA.
Таблица 1.Сравнение вторичной труктуры тРНК по результатам работы двух программ.
Участок структуры Позиции в структуре по результатам find_pair Результаты предсказания einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 5'---1-7---3'
3'---72-66---5'		 5'---5-7---3'
3'---68-66---5'		 5'---1-7---3'
3'---72-66---5'
D-стебель 5'---10-13---3'
3'---25-22---5'
T-стебель 5'---49-53---3'
3'---65-61---5'		 5'---49-53---3'
3'---65-61---5'
Антикодоновый стебель 5'---40-44---3'
3'---30-26---5'
Общее число каноническихпар нуклеотидов 19 8 18

Задание 2

Скрипт с определением множеств

Скрипт с последовательным отображением

Таблица 2. Контакты разного типа в комплексе 1mdm.pdb
Контакты атомов белка с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 3 13 16
остатками фосфорной кислоты 9 6 15
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 4 10 14
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 1 1

По результатам работы скрипта была получена таблица 2. Как видно из её содержания, практически отсутствуют контакты ДНК с белком со стороны малой бороздки. В целом, для данного комплекса наиболее характерны неполярные контакты.


Рисунок 2. Результат работы программы nucplot.

С помощью программы nucplot была получена визуализация контактов ДНК-белок. Результаты приведены на рисунке 2. Судя по схеме, наибольшим числом контактов с ДНК обладают аминокислотные остатки Arg137 и Asn21. А самым важным я считаю Gly85 из-за его контактов непосредственно с основаниями обеих цепей ДНК.

Рисунок 3. Контакты Asn21 с ДНК.
Рисунок 4. Контакты Gly85 с ДНК.