Практикумы 1, 2 & 3. Филогенетические деревья


Отобранные бактерии
Название Мнемоника
Acidothermus cellulolyticus ACIC1
Clavibacter michiganensis CLAMS
Corynebacterium efficiens COREF
Mycolicibacterium vanbaalenii MYCVP
Rhodococcus jostii RHOJR
Rubrobacter xylanophilus RUBXD
Streptomyces avermitilis STRAW

Скобочная формула

(RUBXD,(((ACIC1,STRAW),CLAMS),((RHOJR,MYCVP),COREF)))

Изображение дерева
Деревья для коллоквиума

FastME_tree.nhx

TNT_tree.nhx

PhylML_tree.nhx

FastME_BACSU.nhx

PhylML_16S_Bootstrap.nhx

FastME 1


FastME 2


FastME BACSU


FastME Bootstrap


TNT


PhylML 1


PhylML 2


PhylML 16S Bootstrap



Ветви дерева

{MYCVP, RHOJR} vs {RUBXD, CLAMS, STRAW, ACIC1, COREF}

{COREF, MYCVP, RHOJR} vs {RUBXD, CLAMS, STRAW, ACIC1}

{STRAW, ACIC1} vs {RUBXD, CLAMS, COREF, MYCVP, RHOJR}

{STRAW, ACIC1, CLAMS} vs {RUBXD, COREF, MYCVP, RHOJR}

Практикум 2. Реконструкция филогении

Все выбранные мною бактерии относятся к классу Actinomycetes, кроме Rubrobacter xylanophilus, которая относится к Rubrobacteria. Ветвь {COREF,MYCVP,RHOJR} принадлежит порядку Mycobacteriales.

Бактерия Систематика
Acidothermus cellulolyticus cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Acidothermales; Acidothermaceae; Acidothermus
Clavibacter michiganensis cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Micrococcales; Microbacteriaceae; Clavibacter
Corynebacterium efficiens cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Corynebacteriaceae; Corynebacterium
Mycolicibacterium vanbaalenii cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Mycobacteriaceae; Mycolicibacterium
Rhodococcus jostii cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Mycobacteriales; Nocardiaceae; Rhodococcus
Rubrobacter xylanophilus cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Rubrobacteria; Rubrobacterales; Rubrobacteraceae; Rubrobacter
Streptomyces avermitilis cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Actinomycetota; Actinomycetes; Kitasatosporales; Streptomycetaceae; Streptomyces