Практикумы 11. Базы данных

1. Выбор домена

В данном практикуме мне выпало ваботать со следующим списком ID: id_list.txt.

REACTOME

Сначала я решила провести анализ белков в базе данных Reactome. после ввода id в поле запроса, сайт стоит прекрасную карту:

Как можно заметить, мои белки связаны с метаболизмом белков, углеводов, липидов; также с заболеваниями метаболических путей и вирусными инфекциями.

GO

Для того, чтобы более детально разобраться в функциях моих белков, я решила воспользоваться базой данных GO. Ниже приведена часть результатов. Таблица глаз не радует. Анализ подтвердил участие многих белков в различных метаболических путях и процессинге вирусных белков. Интересно, что некоторым белкам преписывается также и участие в поведенческой регуляции (NEU1, NEU2): половом поведении, родительской заботе, агрессии и т.д.

STRING

Далее я решила воспользоваться программой String, которая строит умные схемы связи белков друг с другом.