Практикумы 9. Домены и профили
1. Выбор домена
Для выполнения данного задания я выбрала домен LAP1_C (PF05609), который содержит белки LAP1 (Lamina-associated polypeptide 1). Эти белки расположены на внутренней ядерной мембране, они задействованы в поддержании структуры ядерной оболочки и позиционировании ламин и хроматина. Они взаимодействуют и активируют торсин A, AAA+ АТФазу, локализованную в эндоплазматическом ретикулуме через перинуклеарный домен, и образуют гетерогексамерное кольцо (LAP1-Torsin)3, которое направляет торсин во внутреннюю часть ядерной мембраны.
Ниже представлены характеристики этого домена.
Также была выбрана следующая доменная архитектура, которая содержится в 296 белках:
Второй домен LAP1_N (Lamina-associated polypeptide 1, N-terminal), индентификатор: PF20443.
Были получены: файл со всеми последовательностями, содержащими доменную архитектуру и файл со всеми последовательностями из full.
Последовательности из полученного fasta-файла были выровнены следующей командой:
muscle -in archs_pr9.fasta -out ali_pr9.fasta
Затем полученное выравнивание было обрещано в Jalview до границ архитектуры. На основании полученного файла производился поиск архитектуры во всех последовательностях.
Применяя следующие команды:
hmm2build HMM red_ali_pr9.fasta
hmm2calibrate HMM
hmm2search --cpu=1 HMM parfenova_full_792_pr9.fasta > search.txt
Был получен HMM-профиль двухдоменной архитектуры длиной 623 ао и файл, содержащий находки. На их основании построены следующие графики:
