Онтологии, GO

Структура GO на примере RRMJ_ECOLI

В документе UniProt, соответствующему белку RRMJ_ECOLI, было выбрано ключевое слово "rRNA processing ", по которому на главном сайте консорциума GO был произведен поиск среди терминов GO.
В результате выяснено:

Термин: rRNA processing (РНК-процессинг).
Идентификатор: GO:0006364
Количество синонимов: НЕТ
Определение термина: Любой процесс, вовлеченный в превращение первичного рибосомального РНК-транскрипта (рРНК) в зрелую рРНК молекулу
Количество родителей: 3 (связей is_a - 2, part_of - 1)
Количество дочерних терминов: ни одного (дочерние термины не отражены на графе.)
Связь is_a устанавливается в случае, если дочерний термин является частным случаем родительского, причем родительский полностью содержит в себе дочерний.
Связь part_of устанавливается в более сложных случаях.
Когда дочерний термин, всегда является частью материнского, но материнский сам по себе не обязан содержать дочерний.

Исследование качества аннотации функции у белков Mus muckulus, локализованных в мембране.

Протеом Mus musculus.

Результаты поиска в БД UniProt.

Количество белков Запрос в SRS

Всего 61411 "(([uniprot-Species:mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:mus musculus*])

Со идентификаторами всех трех онтологий GO 14900 "((([uniprot-Species:mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:mus musculus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]))

В том числе локализованных в мембране 2646 ((([uniprot-Species:mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:mus musculus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]))> parent ))

В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA) 295 (((([uniprot-Species:mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:mus musculus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & (((((((([uniprot-DBxref_:TAS.*] | [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]))

В том числе с самыми плохими доказательствами функции (IEA) 1295 (((([uniprot-Species:mus*] & [uniprot-Species:musculus*]) | [uniprot-Species:mus musculus*]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*])) & (((((((([uniprot-DBxref_:IEA.*] ! [uniprot-DBxref_:TAS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]))

По результатам запросов можно сказать, что мембранные белки Mus muscslus недостаточно хорошо изучены.

Только четверть белков имеют идентификаторы всех трех онтологий GO;

Белков с хорошими доказательствами функции в четыре раза меньше, чем с плохими.

А вот и сам зверек =)

Описание функции белка RRMJ_Ecoli с использованием ресурсов EcoCyc.

Белок RRMJ метилирует 23S рибосомальную РНК in vitro в позиции U2552. Фермент активен в рибосомах, но не на свободной рРНК.

Ферментативная реакция:

Обратимость реакции точно не установлена.

	Количество белков	Запрос в SRS
Всего	61411	"(([uniprot-Species:mus] & [uniprot-Species:musculus]) \| [uniprot-Species:mus musculus*])
Со идентификаторами всех трех онтологий GO	14900	"((([uniprot-Species:mus] & [uniprot-Species:musculus]) \| [uniprot-Species:mus musculus]) & (([uniprot-DBxref_:C:] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]))
В том числе локализованных в мембране	2646	((([uniprot-Species:mus] & [uniprot-Species:musculus]) \| [uniprot-Species:mus musculus]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:]))> parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (TAS/IDA)	295	(((([uniprot-Species:mus] & [uniprot-Species:musculus]) \| [uniprot-Species:mus musculus]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) & (((((((([uniprot-DBxref_:TAS.] \| [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.*]))
В том числе с самыми плохими доказательствами функции (IEA)	1295	(((([uniprot-Species:mus] & [uniprot-Species:musculus]) \| [uniprot-Species:mus musculus]) & (([uniprot-DBxref_:C:membrane] & [uniprot-DBxref_:P:]) & [uniprot-DBxref_:F:])) & (((((((([uniprot-DBxref_:IEA.] ! [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]))