Практикум 1.

Все файлы, сопутствующие отчету лежат в папке Block1.

Задание 1. Оценить давление отбора на ген заданного белка (работа с веб-сервером PAL2NAL)

Подготовка данных:
-Последовательность SYY_ECOLI (SYY_ECOLI.txt)
-Последовательность нуклеотидов гена (SYY_ECOLI_NUCLI.txt)

-С помощью blastp был произведен поиск ортолога SYY_ECOLI. В протеоме синегнойной палочки(pseudomonas aeruginosa) ортологов(последовательностей сходных на 60-80%) не было обнаружено. Также нужных нам ID не было в протеоме холерной палочки и возбудителя тифа(salmonella). Зато в протеоме dechloromonas aromatica RCB(бактерии, способной анаэробно окислять бензин), нашелся нужный нам гипотетический ортолог(ID=67%). SYY_DECAR.


-Последовательность в файле SYY_DECAR.txt.

-Последовательность нуклеотидов в файлеSYY_DECAR_NUCLI.txt.

Длины последовательностей обоих белков одинаковые.

Выравнивания.

Аминокислотное syy_ecoli.needle

Нуклеотидное (NUCL)

Выравнивания не совсем соответствуют друг другу. Нуклеотидное имеет множество гэпов. Эти гэпы обусловлены тем, что присутствуют множественные синонимичные мутации, представленные в нуклеотидной последовательности, поэтому по этим местам не выравнивается. Их большое количесто обусловлена тем, что needle стремится к максимальному весу, а также тем, что большЕе значение имеет фактор случайности(всего 4 буквы).

В принципе по нуклеотидному выравниванию уже можно подсчитать количество синонимичных и несинонимичных замен.

PAL2NAL.

PAL2NAL преобразует множественное белковое выравнивание в выравнивания кодонов с помощью нуклеотидных последовательностей белков. Другой ее функцией является возможность подсчета Ka/Ks, она оценивает влияние отбора на эволюцию белков.

В результате работы PAL2NAL мы получили 2 файла

PAL2NALCODONS (PAL2NALCODONS.txt)

PAL2NAL (PAL2NAL) с подсчитанным Ka/Ks.(опции-“Remove gaps”, “inframe stop kodons - Yes" и "Calculate Ka and Ks - Yes")

KS = 65.2203

KA = 0.2383

KA/KS = 0.0037

Данное значение KA/KS Говорит о стабилизирующем действии отбора на данный ген.

Видно, что в процессе эволючии белок изменился не сильно, так как участвует в присоединении тирозина к тРНК, скорее всего этот процесс является одним их важных , поэтому консервативен. В качестве проверки видно, что при “бластовании” процент находок с высоким(более 95%) ID относительно велик(~15% от всех находок).