Структура тРНК

1. Код РНК-1mj1. РНК из ESCHERICHIA COLI.

У рассматриемого phe-тРНК идентификаторы цепей- D и C
Другие макро-молекулы:

 ELONGATION FACTOR TU(ФАКТОР УДЛИНЕНИЯ);

 S12 RIBOSOMAL PROTEIN(рибосомный белок);

 S13 RIBOSOMAL PROTEIN(рибосомный белок);

 SARCIN-RICIN LOOP OF 23SRRNA;

 HELIX 69 OF 23S RRNA(спираль РНК);

 L11 RIBOSOMAL PROTEIN(рибосомный белок);

2. Последовательность РНК.

 
Нумерация нуклеотидов идет от G1 к A76 (5' -> 3'). Вставок и пропусков нет.

Модифицированные основания:
2MG 2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
H2U 5,6-DIHYDROURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
M2G N2-DIMETHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
OMC O2'-METHYLYCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
OMG O2'-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
YG WYBUTOSINE
PSU PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
5MC 5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
7MG 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
5MU 5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE
1MA 6-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE
 
 
Спирали
 
 

Разными цветами показаны разные спирали.
 
Длина первой спирали-13 нуклеотидных пар, второй-14.

Вид структуры в RasMol(получено из оригинального pdb-файла).
 
Комманды:
Background white
Restrict none
Select *c
Backbone 500
define H1 2-7, 66-71
define H2 49-53, 61-65 
define H3 38-44, 26-32 
define H4 10-13, 22-25
select *.p and (1,76) 
label %n %r
restrict *c
 
Анализ структуры

Внеспиральные стекинг-взаимодействие между основаниями:


Примеры водородных
связей между основаниями, не сводящихся к Уотсон-Криковскому спариванию
комплементарных оснований: 


 
Связи образуется между кислородом псевдоуридина и азотом гуанина. Если бы был не псевдоуридин, а просто уридин, тогда бы на месте С4 стоял С6 у которого нет кислорода, и который бы не образовал такую связь.

Малая бороздка шире, чем большая, отсюда вывод-данная РНК похода на А-форму
ДНК. К тому же внешний вид похож на А-форму.

 
Работа с программой einverted.

 
 
В результате работы программы с параметром treshold=10 был получен файл trna-phe.inv из которого мы видим:
Программа нашла меньше спиралей, чем было обнаружено. 
Чтобы запустить программу, основания в оригинальном файле были заменены на близкие им(файл posl.txt), возможно из=за этого было найдено меньше спиралей. Также меньшее количество спиралей возможно получено из-за того, что программа einverted работает лишь с последовательностью нуклеотидов, не учитывая пространственную структуру.
 
Анализ структуры с помощью mfold.
 
 
Mfold был запущен с параметром P=15, максимально похожее на реальное изображение было 2-м.
В заданной РНК много модифицированных оснований, следовательно предсказание весьма далеко от реальности.(Mfold работает только с немодифицированными основаниями)