Занятие 2. Банк EMBL

· Сравнение разных записей в EMBL


индентификатор записи EMBL
Тип молекулы
Класс данных
Раздел EMBL
Дата создания
документа
Описание
Длина последовательности

U00096
геномная ДНК
(genomic DNA)
Стандартные
(STD)
Прокариоты
(PRO)
23-FEB-2006
Escherichia coli K12 MG1655, complete genome.
4639675

AP009048
геномная ДНК
(genomic DNA)
Стандартные
(STD)
Прокариоты
(PRO)
22-JAN-2006
Escherichia coli W3110 DNA, complete genome.

4646332

J01719
геномная ДНК
(genomic DNA)
Стандартные
(STD)
Прокариоты
(PRO)
13-JUN-1985

E.coli tyrS gene coding for tyrosyl-tRNA synthetase.
1275

M92351
геномная ДНК
(genomic DNA)
Стандартные
(STD)
Прокариоты
(PRO)
27-AUG-1992
Escherichia coli pyridoxamine 5'-phosphate oxidase (pdxH) gene, complete cds, tyrosyl-tRNA synthetase (tyrS) gene, 3' end, ORF, 5' end.
1142

Все записи относятся к стандартному классу данных. Две последовательности относятся к полным геномам разных штаммов бактерии. Две остальные записи являются записью кода только для одного(своего) энзима , поэтому короткие.
· Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Последовательности, кодирующие белок SYY_ECOLI в двух записях банка EMBL
I
II

ID записи
J01719
U00096

Начало гена в записи
1
1713972

Конец гена в записи
1275
1715246

Направление гена
прямое
обратное

Примечания*
Часть Последовательности из полного генома.

Скорее всего, полная последовательность генома.

Одна из них - полная последовательность генома, а вторая являеться лишь частью первой.

· Знакомство с записью гена из эукариотического генома


Схематичная структура гена: LUC7L( AC- IGI00051185)
<--[179964..180135]--.....--[ 219279..219339]--