Занятие 4. Поиск гомологов некодирующей нуклеотидной последовательности

Определение тРНК, которая была (скорее всего) использована рибосомой при присоединении 4-ого аминокислотного остатка к растущей цепи белка SYY_ECOLI.

В ходе работы использовались следующие команды:

·                grep "codon.*serine" ecoli.embl>codon.txt

Получен текстовый файл codon.txt c результатами поиска в embl-файле с геномом кишечной палочки строк, в которых встречаются словa codon и serine(неподряд). Строки представляют собой поля FT embl-документа и их содержимое в записях о соответствующей сериновой тРНК.
Результаты поиска:

FT
/note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;

FT
/note="codons recognized: UCD; anticodon: UGA serine tRNA1;

FT
/note="codons recognized: UCY; anticodon: GGA serine tRNA5;

FT
/note="codon recognized: UCG; anticodon: CGA serine tRNA2;

FT
/note="codons recognized: AGY; anticodon: GCU serine tRNA3;

seqret ecoli.embl –sask

С помощью команды seqret после ввода координат последовательности нуклеотидов для тРНК получены fasta-файл с нужной последовательностью тРНК: tRNA.fasta

Таблица 1. Выбор тРНК

Аминокислотный остаток в 4-ой позиции белка SYY_ECOLI		S
Соответствующий кодон в гене tyrS		5'-AGT -3' Третья позиция в триплете является вырожденной, согласно таблице генетического кода на третьем месте может находится либо T либо С
Идеальный антикодон		5'-ACU-3'
Сколько можно было бы ожидать разных тРНК для остатка S (если опираться на генетический код)?		6: TCT, TCC, TCA, TCG, AGT ,AGC
Сколько тРНК для остатка S аннотировано в геноме кишечной палочки?		Было найдено 5 генов со следующими антикодонами: GGA, UGA, GGA, CGA, GCU
Характеристика выбранной для дальнейшего изучения тРНК:
	название гена	serV
	координаты гена в записи EMBL	complement(2816575..2816667)
	антикодон	GCU

Поиск гомологичных тРНК в геноме архебактерии

Таблица 2. Поиск в геноме < Pyrococcus furiosus> последовательностей, сходных с <сериновой> тРНК E.coli

Программа		FastA	BLASTN	MegaBLAST	Discontigous MegaBLAST
Число находок с Е-value < 0,001		3	2	No hits found	No hits found
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	0.00022	1e-04	-	-
	Номер сектора генома	116	1	-	-
	AC соответствующей записи EMBL	AE010241	AE009950	-	-
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	12828-12918	4128-4109	-	-
Аннотация лучшей находки по EMBL		tRNA-Met	Ген PF0005	-	-

Использованные команды:
fasta35 tRNA.fasta pf_genome.fasta 6 (файл fastaresults.txt)
formatdb -i pf_genome.fasta -n pf -p F
blastall -p blastn -d pf -i tRNA.fasta -o blastn -e 0.001
megablast -d pf -i tRNA.fasta -o megablast -e 0.001
megablast -d pf -i tRNA.fasta -o Dmegablast -e 0.001 -W 11 -t 21 -N 2

Какой-либо положительный результат дали программы fastA и blastn. “Бластовые” программы созданы для поиска близких выравниваний, поэтому с данной задачей они не могут справитс с наилучшей эффективностью.