Вариант1
Была выбрана программа blastx из пакета blastall, поскольку
на вход подается последовательность нуклеиновой кислоты, содержащая нужный
участок из генома Yersinia intermedia бактерии. Тип пробы - нуклеиновая кислота,
поиск в БД белков, поскольку индексированные файл содержит протеом.
Команды-
seqret embl:AALF01000002
–sask
formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n sa
(созданы индексные файлы для
программы blastx)
blastall -p blastx -d sa -i
aalf01000002.fasta -o result.fasta -e 0.001
В результате нашлось
множество фрагментов нуклеотида, гомологичных белкам, но большинство из них
пересекаются, значит, на фрагменте закодировано всего три белка.
Гипотетические гены во фрагменте 7001-11000
3'-------------------------[<=ген znuC, 8180-8920]-----[<=ген yhiP, 10053-10999]-5'
5'-[=>ген znuA, 7151-8116]--------------------------------------------3'
ген znuC, 8180-8920
Соответсвует
Q8ZNV7
Q8ZNV7_SALTY ABC superfamily high affinity Zn
transport
ген yhiP, 10053-10999
Соответствует
Q8ZLD6
Q8ZLD6_SALTY Putative POT family peptide transport protein.
Ген znuA 8116-7151
Соответсвует
Q8ZNV8 Q8ZNV8_SALTY ABC superfamily
high affinity Zn transport
2 гена кодируют 2 фрагмента
того же белка.
Соответсвия в геноме Salmonella
typhimurium
1.
1986438-1989193
2.
3760614-
3764083
3.
1985415-
1988416
3'-------------------------[<=ген znuC, 1986438-1989193]-----------------------------5'
5'-[=>ген znuA, 1985415-1988416]--------------------------------------------3'