Занятие 3. Программы пакета BLAST для работы с нуклеотидными последовательностями

· Создание индексных файлов для программ пакета BLAST

Для создания индексных файлов для генома Xanthomonas campestris, в командной строке linux нужно ввести следующую команду:

formatdb -i xc_genome.fasta -p F -n xc

Файлы с “3g” относятся к поиску по 3-м геномам.

Поиск в геноме участков, кодирующих белки, похожие на заданный

Поиск гомологов SYY_ECOLI		Геном бактерии Xanthomonas campestris
Число находок с Е-value<0,001		1
Характеристика лучшей находки:
	E-value находки	3e-24
	AC соответствующей записи EMBL	AE012505 AE008922 AE012505
	координаты выравнивания(-ий) в записи EMBL	3885..2824
	Координаты CDS в записи EMBL (если они есть)	2737..3948
	AC UniProt в записи EMBL (если есть)	Q8P475 Q8PAD0
	E-value находки в поиске по 3-м геномам	7e-24
	Число находок с Е-value<0,001 в поиске по 3-м геномам	3

Катализирует присоединение тирозина к tRNA в реации, которая происходит в 2 шага-сначала тирозин

активируется с помощью ATP и переходит в форму Tyr-AMP затем он переносится на акцепторный конец tRNA. Вывод-мы нашли гомологичный белок.

У лучшей находки выравнивание наблюдается практически у всего фрагмента, а не у небольшого куска.

При поиске по 3-м геномам выросло e-value нашей находки, так как чем больше размер вводных данных, тем сильнее увеличивается возможность случайного совпадения. 

Поиск гомологов с помощью программы BLASTN

e-value лучшей находки 0.0(из Salmonella typhimurium)
AC- AE008763(тот же, что и при поиске по 3-м геномам у лучшей находки(файл 3g_search.txt))
В последнем задании программа строит выравнивание по ДНКовым последовательностям.
При поиске с помощью blastn e-value оказалось равно 5.1.
E-value сильно отличается от e-value при поиске в геномах, следовательно мы нашли удаленный гомолог.
BLASTN не может найти удаленные гомологи с высокой точностью, так как создан для поиска близкородственных.

Описание соответствующего cds в EMBL:

similar to E. coli tyrosine tRNA synthetase