Филогенетические деревья
Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью
бутстреп-анализа
Для создания 100 бутстреп-реплик выравнивания была использована программа
fseqboot.
Команда:
fseqboot VSE.txt –auto
На выходе получили файл с расширением .fseqboot
Полученные 100 выравниваний подали на вход программе fdnaml.
Команда:
fdnaml vse.fseqboot -ttratio 1 –auto
Была запущена программа fconsense. Ей на вход были поданы 100 скобочных
формул из файла vse.treefile, полученному ранее.
Из полученного файла:
Консенсусное дерево:
Бутстреп-значения внутренних ветвей полученного консенсусного дерева равно
100, 75, 100. Исходя из этих значений дерево можно считать достоверным.
Полученная топология:
CDEFAB
Совпадает с топологией реального дерева(листья меняются местами по сравнению
с реальным).
2. Создание изображения дерева программой fdrawtree
Создали файл со скобочной структурой дерева
(((А:10,B:10):30,((C:20,D:20):5,E:30):10):60,F:100);
C помощью программы fdrawtree и этого файла поданного ей на вход мы
получили филогенетическое древо:
Получили в силу особенностей программы неукоренненое дерево.