Литературный обзор, список статей
Информация из прочтенных статей и дополнительных ресурсов будет постепенно появляться здесь.
Прочитанные статьи:
- "Mechanisms controlling Pax6 isoform expression in the retina have been conserved between teleosts and mammals" Jörn Lakowski, Anirban Majumder, James D. Lauderdale
- "A de novo assembly of the newt transcriptome combined with proteomic validation identifies new protein families expressed during tissue regeneration" Mario Looso, Jens Preussner, Konstantinos Sousounis, Marc Bruckskotten, Christian S Michel, Ettore Lignelli1, Richard Reinhardt, Sabrina Höffner, Marcus Krüger, Panagiotis A Tsonis, Thilo Borchardt and Thomas Braun
- "Using transcriptomics to enable a plethodontid salamander (Bolitoglossa ramosi) for limb regeneration research" Claudia M. Arenas Gómez, Ryan M. Woodcock, Jeramiah J. Smith, Randal S. Voss and Jean Paul Delgado
Ход работы, полученные данные
Первым делом были просмотрены последовательности (как белковые, так и нуклеотидные) в бд NCBI, связанные с pax6. При этом было задано несколько запросов:
- Gene (paired box 6) and urodela[Organism]. Выдача: 0
- Gene (paired box 6) and caudata[Organism]. Выдача: 0
- Gene (paired box 6) AND anura[Organism]. Выдача: 10, сделана таблица
- Protein (pax6) and urodela[Organism]. Выдача: 10, сделана fasta
- Protein (pax6) and anura[Organism]. Выдача: 53, сделана fasta
Помимо этого была просмотрена доменная архитектура для pax6, в базе данных Pfam. Для этого был использован поиск по ключевому слову pax6 и выбрано семейство с ID: PAX. Данное семейство содержит 47 вариантов архитектуры. Из всех архитектур я просто выделил несколько указанных, как структуры pax-6, но основной для нас структурой является pax-6 с гомеодоменом, структура которого отображена на рисунке 3.
Помимо этого для лучшего поинимания изучаемой темы, были просмотрены структуры имеющихся белков Pax-6. Структура, правда, есть только для человеческого белка. Но для общего понимания структурного устройства, вполне достаточно.
Для того, чтобы найти как можно больше белков для дальнейшей работы с ними был разработан следующий подход. В б/д Uniprot будет создан запрос, содержащий навание таксона, парный домен и гомеодомен (taxonomy:caudata database:(type:pfam pf00292) database:(type:pfam pf00046)). Где pf00292 - номер парного домена в б/д pfam и pf00046 - гомеодомена. На выходе получили 8 вариантов белка 3 организмов: Cynops pyrrhogaster, Ambystoma mexicanum и Pleurodeles waltl. Файл Аналогичный запрос был сделан и для anura. Файл После этого был отдельно взята последовательность одного из белков, а именно Xenopus laevis (т.к. он единственный из всех находок являлся Reviewed). После этого был запущен белковый BLAST с максимальным количеством находок 5000. Искал по последовательности pax6 Xenopus laevis. Порог E-value решил сделать 7e-87, т.к. после него шли последовательности не нужных белков (или они были unpredicted). Таким образом всего находок стало 1952. Далее из всех этих находок были взяты находки относящиеся к организмам, которые нам интересны.
- Pleurodeles waltl - 1 находка (при этом partial)
- Cynops pyrrhogaster - 4 находки (в виде 4 изоформ, что хорошо)
- Ambystoma mexicanum - 4 находки (так же 4 изоформы)
- Notophthalmus viridescens - 0 находок (придется искать в геноме)
- Хenopus laevis - 27 находок (из них отобрал 13)
- Danio rerio - 17 находок
- Gallus gallus - 15 находок
- Mus musculus - 11 находок
- Homo sapiens - 22 находки