Задание 2
- Из выданного списка бактерий отдела фирмикут были выбраны 8 названий
- Руководствуясь приведённым ниже филогенетическим деревом, было нарисовано дерево выбранных вами организмов
- Изображение было построено в программе MEGA. Для этого заранее был создан файл pr1.tre со скобочной формулой дерева. Помимо этого был сделан список нетривиальных ветвей как разбиений множества листьев
| Название | Мнемоника |
|---|---|
| Geobacillus kaustophilus | GEOKA |
| Staphylococcus aureus | STAAR |
| Listeria monocytogenes serovar 1/2a | LISMO |
| Moorella thermoacetica | MOOTA |
| Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus | LACDA |
| Clostridium botulinum | CLOBA |
| Bacillus subtilis | BACSU |
| Clostridium tetani | CLOTE |
(((CLOTE,CLOBA),MOOTA),(LACDA,(STAAR,(LISMO,(GEOKO,BACSU))))) - скобочная формула, используемая для построения дерева.
Дерево содержит 5 нетривиальных ветвей:
- {GEOKO,BACSU} vs {CLOTE,CLOBA,MOOTA,LACDA,STAAR,LISMO}
- {GEOKO,BACSU,LISMO} vs {CLOTE,CLOBA,MOOTA,LACDA,STAAR}
- {GEOKO,BACSU,LISMO,STAAR} vs {CLOTE,CLOBA,MOOTA,LACDA}
- {GEOKO,BACSU,LISMO,STAAR,LACDA} vs {CLOTE,CLOBA,MOOTA}
- {GEOKO,BACSU,LISMO,STAAR,LACDA,MOOTA} vs {CLOTE,CLOBA}
Задание 2
- С помощью таксономического сервиса NCBI были проанализированы отобранные организмы
- По полученным данным было также определено какие нетривиальные ветви на дереве отобранных бактерий выделяют какие-нибудь из таксонов
При определении таксономии получилось следующее (перечислены выдачи в порядке, который указан в таблице 1):
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Geobacillus; Geobacillus thermoleovorans group
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria; Listeria monocytogenes
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Thermoanaerobacterales; Thermoanaerobacteraceae; Moorella group; Moorella
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus; Lactobacillus delbrueckii
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus subtilis group
- Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
- {CLOTE,CLOBA} - Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
- {CLOTE,CLOBA,MOOTA} - Clostridia
- {GEOKO,BACSU} - Bacillaceae
- {GEOKO,BACSU,LISMO,STAAR,LACDA} - Bacilli
- {GEOKO,BACSU,LISMO,STAAR} - Bacillales