Практикум #11 GO - String - Human Protein Atlas

Часть 1 – GO Enrichment Analysis

• Название моего файла: list46.txt, в котором указано 10 ID
• 10 из 10 ID, т.к. все ID нашлись в БД
• Всего находок - 41. Столько, потому что их p-value < 0,05 (т.е. значимые находки)
• 10 самых значимых находок:

vitamin D metabolic process (GO:0042359)	15	7	.01	+	 > 100	1.65E-19	2.63E-15
fat-soluble vitamin metabolic process (GO:0006775)	41	7	.02	+	 > 100	7.08E-17	5.65E-13
steroid metabolic process (GO:0008202)	260	9	.14	+	65.62	4.64E-16	2.47E-12
organic hydroxy compound metabolic process (GO:1901615)	469	9	.25	+	36.38	8.53E-14	3.40E-10
vitamin metabolic process (GO:0006766)	128	7	.07	+	 > 100	1.31E-13	4.19E-10
small molecule metabolic process (GO:0044281)	1718	10	.91	+	11.03	1.51E-10	4.02E-07
lipid metabolic process (GO:0006629)	1201	9	.63	+	14.20	3.57E-10	8.14E-07
calcitriol biosynthetic process from calciol (GO:0036378)	4	3	.00	+	 > 100	3.81E-09	7.61E-06
vitamin D biosynthetic process (GO:0042368)	4	3	.00	+	 > 100	3.81E-09	6.76E-06
vitamin D3 metabolic process (GO:0070640)	5	3	.00	+	 > 100	6.10E-09	9.73E-06

• На картинке ниже указан граф с 5 самыми значимыми GO terms

  

• Граф получился без особых видов связи между узлами - все они соединены соотношением "is a", что говорит нам о том, что каждый предыдущий узел является частью следующего соединенного с ним
• Можно увидеть, что все ID связаны с vitamin D metabolic process (метаболический путь синтеза витамина D). Однако, все желтые прямоугольники, это мною выбранные GO terms, которые, как видно, отвечают за 5 разных метаболических путей. Получается, что все мои ID так или иначе в них замешаны (частично либо полностью и как я понимаю чем меньше p-value, тем больше у нас оснований полагать, что все ID из списка относятся к одному GO terms)

Часть 2 – String

• Получившийся граф:

  

• Для каждого из узлов есть 3D структура
• В моем графе присутствуют from curated databases, experimentally determined, gene co-occurrence, textmining, co-expression, protein homology взаимодействия
• Т.к. в моем графе не все узлы соединены пришлось дополнять его (при этом со 2 попытки очень долго остовался изолированным белок CYP4V2 и лишь примерно через 7 увеличений количества узлов он наконец включился в общий граф). Также теперь на этом графе есть все виды взаимодействия. Также выделился зеленый кластер сверху, что говорит о том, что эти гены соседи и что они хорошо описаны в литературе (их взаимодействие).

  

• Консервативность: видно, что эти белки высоко консервативны у хордовых организмов, особенно у приматов (что не странно). Видно, что некоторые из белков отсутствуют (либо в БД, либо вообще) у бактерий и даже у некоторых хордовых (или квадратики настолько белые, что их не видно, а это говорит об их сильном различии - такое встретилось у некоторых бактерий: Planctomycetes 4 столбик).

  

• Коэкспрессия: у человека видно только один факт коэкспрессии GC и CYP2E1 и то довольна слабая. У других организмов коэкспрессия замечена чаще (это может значить, что коэкспрессия у человека либо еще не до конца изучена, либо не наблюдалась). Хотя видно, что коэкспрессии GC и CYP2E1 также наблюдается у других организмов.