Практикум #13 Мембранные белки

• Первым делом нужно было выбрать итересный мембранный белок. К счастью параллельно у нас шел курс по ФЧЖ, на котором мы разбирали различные способы транспорта ионов или различных молекул через мембрану клетки. Одним из самых важных и потому распространенный во всех организмах - глюкозный транспортер. Отдельно выделяют семейство GLUT - белки-переносчики большинства млекопитающих. В человеческом геноме, например, закодировано 12 белков этого семейства. Делятся все белки этого семейства на 3 класса, которые отличаются местом экспрессии и местом расположения в клетке (например, GLUT1 распространен в зародошевых клетках, а GLUT7 располагается на ЭПР и переносит из него глюкозу в цитоплазму). В целом, из всех белков я решил рассмотреть GLUT1 или однонаправленный белок-переносчик глюкозы, т.к. он был первым открытым белком с такой функцией.



• Следующим действием было предсказание трансмембранных участков при помощи сервиса TMHMM.
• Результат предсказания полностью совпал с литературными данными - 12 трансмембранных спиралей, при этом нет никаких ошибок в чередовании наружних и внутренних участков последовательности (т.е. нету такого, что после outside-transmembrane идет опять outside)



• Следующим действием было необходимо визуализировать расположение белка в мембране. Для этого сначала был опробован банк OPM, но, т.к. в нем я не нашел свой белок, то я попробовал банк MemProtMD (удачно)