Умения. d5. Сравение доменов SCOP и Pfam.

9. Сравнить домены для любого белка.

Я посмотрел данные SCOP и pfam о своем белке 1VI9.
Домен в SCOP выделяют всего один для всей цепи. Это класс Alpha and beta proteins (a/b), Ribokinase-like fold.
Домен в pfam тоже один, но с 51 по 268 остатки. Это домен семейства . Phos_pyr_kin (Phosphomethylpyrimidine kinase).

Отмечу в структуре гомодимера оба варианта выделения домена:

Рисунок 1. Симметричное изображение доменов pfam (розовым) и scop (синим), желтым выделен несоотнесенный с доменом pfam участок.
Рисунок 2. Ракурс, на котором видно, что N и С-концы белка раположены очень близко (желтым).

Как мы видим, домен Pfam выделяет область белка, расположенную дальше от места контакта субъединиц.

Заметим, что N- и С-концы, которые в домен pfam не попали, в структуре располагаются вместе (Рис. 2, желтым).

Аналогичные действия проделал для более интересного белка 3mvq (глутаматдегидрогеназы).

Домены pfam: LFV_dehydrog_N (Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain), остатки 112-244; ELFV_dehydrog (Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase), остатки 263-477.
Домены SCOP: остатки 1 - 208, класс a/b, фолд Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain; остатки 209 – 495, тоже класс a/b, фолд NAD(P)-binding Rossmann-fold domains.

Рисунок 3. Симметричное изображение доменов pfam (справа, желтым показана несоотнесенная с доменами область) и SCOP (слева).

Второй пример полностью подтверждает наблюдение первого, что домены pfam в большинстве своем короче доменов CSOP, если они соответствуют друг другу, однако, легко представить случай, когда SCOP выделяет отдельный домен там, где нет никакого домена pfam.

На страницу 7 семестра