Описание программ

Раздел "Bash"

bash - Одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX; особенно популярна в среде Linux,
где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.
Bash это командный процессор, который, как правило, работает в текстовом окне, что позволяет пользователю вводить команды
вызывающие определенные действия. Bash также может читать команды из файла, который называется скриптом. (wiki)

Существуют следующие типы потоков:

stdin (стандратный поток ввода) содержит информацию, которую вводит пользователь во время работы программы. Поток имеет номер 0.
stdout (стандратный поток вывода) зарезервирован для вывода данных. Его номер 1.
stderr (стандратный поток ошибок) зарезервирован для вывода сообщений о распространенных ошибках и их возможных причинах. Его номер 2.

Поток stdout можно перенаправить с помощью символа > в некоторый файл (данные будут записаны начисто)
или дописать данные в конец файла, используя символ >>. Пример: infoseq sw:ACP_BACSU > 1F80.info
Для вывода потока stderr используется его номер: 2. Это выглядит так: 2>.

Также с первого семестра нам знаком способ перенапралять данные с помощью конвейера ( знак | ).
Он позволяет направить ст. вывод одной команды на вход другой команды. Это выглядит например так: ls | wc.

Часто используемые спецсимволы:

маски файла:
*	заменяет собой 1, несколько или ни одного символа
?	заменяет ровно один символ
[1-7]	заменяет 1 символ из заданного интервала (в данном примере от 1 до 7)
кавычки:
""	содержимое объединяется и интерпретируется
''	содержимое объединяется, но не интерпретируется
``	команда в кавычках выполняется
табуляция или пробел	разделяют параметры

Раздел "EMBOSS"

№1. Команда infoseq и ее свойства.

Введем команду " infoseq sw:ACP_BACSU " и посмотрим результат.
Для наглядности я с помощью команды " infoseq sw:ACP_BACSU > 1F80.info " поместил его в файл "1F80.info."
получаем таблицу:

USA	Database	Name	Accession	Type	Length	Organism	Description
sw-id:ACP_BACSU	sw	ACP_BACSU	P80643	P	77	Bacillus subtilis	Acyl carrier protein (ACP)

№2. Справка по программе infoseq

Данные которые выдает команда " infoseq -help " попытаемся записать в существующий файл. Сперва ничего не получается,
так как данные, выводимые с помощью -help относятся к "stderr", поэтому необходимо записать: " infoseq -help 2>> 1F80.info ".
(ссылка на файл приведена выше).

№3. Поиск аналогичных белков в других видах рода Bacillus

Имя моего белка: ACP_BACSU, (BAC - Bacillus). Найдем аналогичные белки у других бактерий того же рода.
Для этого введем команду " infoseq sw:"ACP_BAC*", используя маску (см. ранее).
Получилось 24 белка, информацию о которых можно посмотреть в том же файле (ссылка выше).

№4. Некоторые возможности регуляции вывода данных программой infoseq

1 Способ.
Вспомним, что уже говорилось выше по поводу вывода данных различных стандартных потоков...

2 Способ.
Рассмотрим возможности с использованием указаний типа " -noname " на нескольких примерах: файл "file_new.info."

3. Отдельно рассмотрим оставшиеся параметры команды infoseq:

Команда	функция	пример
-outfile	выводит информацию в конкретный указанный файл	infoseq sw:"ACP_BAC*" -outfile comand5.info
-html	выдает данные в виде html-кода. (аналогичная таблица)	infoseq sw:"ACP_BAC*" -html >> comand5.info
-delimiter	заменяет символ разделения между ячейками на любой, например на "><"	infoseq sw:"ACP_BAC*" -nocolumns -delimiter "><" >> comand5.info
-heading	выдает данные без заголовков колонок	infoseq sw:"acp_bac*" -heading n >> comand5.info

Остальные ключевые примеры с использованием -only и -no... ,были рассмотрены в пункте 2.
Файл с результатами команд, приведенных в последней таблице здесь .

назад в проекты.html