Sequence Retrieval System


№1. Поиск особенностей белка ACP_BACSU.

Особенности (features) Описание
ID ACP_BACSU_4; parent: ACP_BACSU
FT TURN 15 21
SQ Sequence 7 AA;
RLGVDEA
Участок белка организован в виде в-поворота, состоит из 7 остатков, начиная с 15 по 21.
Указана последовательность данной структуры.
ID ACP_BACSU_1; parent: ACP_BACSU
FT CHAIN 1 77 Acyl carrier protein.
FT /FTId=PRO_0000180104.
SQ Sequence 77 AA;
MADTLERVTK IIVDRLGVDE ADVKLEASFK EDLGADSLDV VELVMELEDE FDMEISDEDA
EKIATVGDAV NYIQNQQ
Указана вся аминокислотная последовательность (однобуквенные символы в конце).
Цепь состоит из 77 остатков.
ID ACP_BACSU_3; parent: ACP_BACSU
FT HELIX 3 14
SQ Sequence 12 AA;
DTLERVTKII VD
Первая альфа-спираль. Состоит из 12 остатков, с 3 по 14.
Указана последовательность структуры.
ID ACP_BACSU_5; parent: ACP_BACSU
FT STRAND 25 27
SQ Sequence 3 AA;
LEA
Первый бета-тяж. Состоит из 3 остатков, с 25 по 27.
Указана последовательность структуры.



№2. Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к белку ACP_BACSU.
Мой запрос:
([swissprot-ID:Acp_bacsu*] > PDB )
Файл с результатами поиска: PDB.


№3. Поиск полноразмерных белков из Firmicutes, выполняющих сходную функцию с функцией белка ACP_BACSU.

Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
Acyl carrier protein ([swissprot-Organism:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:acp*] | [swissprot-Description:Acyl carrier protein*])) 364
Acyl carrier protein ([swissprot-Organism:Firmicutes] & (([swissprot-Description:acp*] | [swissprot-Description:Acyl carrier protein]) ! [swissprot-Description:fragment])) 364
Acyl carrier protein ([swissprot-Organism:Firmicutes] & ((([swissprot-Description:Acyl] & [swissprot-Description:carrier]) & [swissprot-Description:protein]) | [swissprot-Description:Acyl carrier protein])) 110
Acyl carrier protein ([swissprot-Organism:Firmicutes] & ([swissprot-Description:Acyl carrier protein] ! [swissprot-Description:fragment])) 79
Acyl carrier protein | ACP ([swissprot-Organism:Firmicutes] & (([swissprot-Description:ACP] | [swissprot-Description:Acyl carrier protein]) ! [swissprot-Description:fragment])) 219



№4. Полноразмерные последовательности десяти найденных белков (запрос 4) в fasta формате.

Мой запрос:
((((((((([SWISSPROT-ID:ACP_BACA2] | [SWISSPROT-ID:ACP_BACAA]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACAC]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACAN]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACC0]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACC1]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACC2]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACC3]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACC4]) | [SWISSPROT-ID:ACP_BACC7])
Ссылка на файл с последовательностью схожих по функции белков: fasta.


№5. Тот же список последовательностей из задания 4, с указанными ID, AС последовательностей, организмом (Species), названием белка (Description) и длиной последовательности.
Файл приведен в виде плоской таблицы: xls.




назад в проекты.html

© Aleshin Vasily