Отчет о работе с RasMol, задание 3

Задание 1.

рис.1

Изображение цепи А моего белка, отражающее структуру молекулы.
Красным окрашены реверсивные повороты и неструктурные элементы, желтым - в-листы, голубым - а-спирали.
Цепь содержит 29 а-спиралей, 21 в-лист и 41 в-поворот (данные программы).
С помощью модели RasMol можно сказать, что цепь А относится к классу а+в молекул,
так как все а-спирали расположены последовательно, не чередуясь с цепями, принадлежащими в-листам.

Задание 2.
Самая длинная а-спираль: 42-64
Самый большой антипараллельный в-слой: 4-11; 97-105; 109-118.
Самый резкий в-поворот (180): 106-108.
К сожалению, все в-слои белка 1F80 (pdb) антипараллельны.

Задание 3.

рис.2

Изображение выбранной а-спирали. Показаны водородные связи и остов с раскраской по атомам.
Водородные связи проходят от i-го атома к i+4-ому атому.

рис.3

Та же спираль, только показаны еще и атомы Св, соответствующие радикалам.
Масштаб увеличен.
Атомы Св располагаются примерно друг над другом, с интервалом в 4 а.о. и небольшим смещением.
файл скрипта:

Helix.spt

Задание 4.

рис.4

Изображение выбранного антипараллельного в-слоя.
Показаны водородные связи и остов с раскраской по атомам.

рис.5

рис.6

Тот же в-слой, только показаны еще и в-атомы С, соответствующие радикалам.
Масштаб увеличен.
Если каждый i-й, j-й и k-й (индексы для разных тяжей) радикалы оказываются по одну сторону от плоскости листа,
то i+1-й, j+1-й и k+1-й радикалы располагаются по другую сторону в-слоя.
Именно это иллюстрирует 2 изображение.
файл скрипта:

Sheet.spt

Задание 5.

рис.7

Изображение выбранного реверсивного поворота (с N и C концов он соединен с описанным в-слоем).
Cв-поворот: Thr106Lys107Glu108;
Водородные связи не образуются, так как ни один атом О не приближен к атому N.
Это подтверждает и тот факт, что RasMol их не изображает.