Лиганды в структуре 3D30
Лигандами в структуре 3D30 являются три молекулы муравьиной кислоты (сокращенное название - FMT) и три молекулы глицерола (сокращенное название - GOL). Их положение в структуре и размеры показаны на рисунке 1. Голубым цветом на рисунке 1 выделены молекулы муравьиной кислоты, а зеленым выделена молекула глицерола. Экспансин-подобный белок имеет цилиндрическую форму с диаметром ~3,5 нм (35 Å, 0,0000000035 м) и высотой ~6,3 нм (63 Å, 0,0000000063 м). Приблизительная длина молекулы муравьиной кислоты 0,216 нм (2,16 Å, 0,000000000216 м), а глицерола 0.436 нм (4,36 Å, 0,000000000436 м). Измеренные расстояния показаны на рисунке 1 белыми линиями, а их значения указаны в нанометрах.
Рис.1. Лиганды в структуре 3D30. Голубым цветом выделены молекулы муравьиной кислоты, а зеленым молекула глицерола. Указаны относительные размеры белка и лигандов.
Анализ области контакта белка из структуры с PDB-кодом 3D30 и лиганда GOL
На рисунке 1 рассматриваемая молекула глицерола показана зеленым цветом и представлена с помощью команды wireframe. Экспасин-подобный белок (PDB-код 3D30) образует с лигандом GOL (молекула глицерола) всего одну водородную связь длиной 0,304 нм. Это связь между атомом азота пролина 61 и атомом водорода, принадлежащим атому кислорода (О3) молекулы глицерола. Наименьшее расстояние между углеродными атомами аспарагина и глицерола 0,389 нм, а между углеродными атомами лизина и глицерола 0,342 нм. Исходя из этого, можно предположить, что атомы углерода углеродного скелета молекулы глицерола вступают в гидрофобное взаимодействие с атомами углерода углеродных цепей радикалов аспарагина и лизина, которые окружают молекулу глицерола с двух сторон. Область контакта экспансин-подобного белка (код PDB 3D30) с молекулой глицерола представлена на рисунке 2. Молекулы покрашены командой cpk в соответствии с их химическим составом и подписаны. Длины связей между атомами показаны белой линией и подписаны в ангстремах.
Рис.2. Область контакта экспансин-подобного белка (PDB-код 3D30) с молекулой глицерола. Молекулы покрашены командой cpk в соответствии с их химическим составом и подписаны. Длины связей между атомами показаны белой линией и подписаны в ангстремах.
Скачать скрипт, с помощью которого были получены рисунки 1 и 2
На рисунке 3 схематично представлена область контакта экспансин-подобного белка (PDB-код 3D30) с молекулой глицерина. Пролин 61 образует с глицеролом водородную связь, она показана пунктирной линией. Меджу углеродными цепями радикалов аминокилотных отсатков лизина 102 и аспарагина 100 и углеродным скелетом глицерола присутствуют гидрофобные взаимодействия, они показаны синим пунктиром. Желтым цветом показано продолжение последовательности белка.
Рис.3. Область контакта экспансин-подобного белка (PDB-код 3D30) с молекулой глицерола (схема). Молекулы на схеме подписаны, водородная связь показана пунктирной линией,а гидрофобные взаимодействия синим пунктиром. Желтым цветом показано продолжение последовательности белка. Длины связей подписаны в нанометрах.