Поиск мотивов с помощью программы MEME.
Программе MEME на вход была подана команда для выполнения поиска мотивов среди 52 гомологов белка YOAJ_BACSU. Максимальное количество мотивов 3. Результаты выполнения команды представлены в таблице 1.
Таблица 1. Информация о мотивах, полученная с помощью программы MEME.
| Мотив 1 | |
| Число последовательностей | 48 |
| Длина мотива | 29 |
| E-value | 1.1e-528 |
| LOGO |  |
| Мотив 2 | |
| Число последовательностей | 39 |
| Длина мотива | 29 |
| E-value | 5.2e-517 |
| LOGO |  |
| Мотив 3 | |
| Число последовательностей | 44 |
| Длина мотива | 21 |
| E-value | 1.3e-306 |
| LOGO |  |
Сравние блоков, найденных MEME, c полным выравниванием, выданным muscle.
Для сравнения выравниваний был создан проект Jalview align.jar. Блоки в выравнивании muscle и блоки MEME выделены цветом и показаны на рисунках 1, 2 и 3 соответственно.
Рис.1. Сравнение выравнивания muscle и MEME для первого блока.
Рис.2. Сравнение выравнивания muscle и MEME для второго блока.
Рис.3. Сравнение выравнивания muscle и MEME для третьего блока.
Как видно из рисунков, ни одно выравнивание MEME полностью не совпадает с выравниванием muscle. Это происходит из-за того, что в выравнивании muscle присуствуют последовательности с гэпами в данных участках, а также не все последовательности включаются в выравнивание MEME, и расположены они в другом порядке. Например, в первом выравнивании выделена последовательность cellulose-binding family II из Stanieria cyanosphaera PCC_7437. Её выравнивания нет в блоках MEME из-за вставки, расположенной в середине блока.
Поиск найденных мотивов в других последовательностях.
С помощью программы MAST было проанализировано взятое из Pfam выравнивание домена PF03330 белка YOAJ_BACSU, составленное из 127 последовательностей. Среди этих последовательностей искали три мотива, описанные выше. Мотивы нашлись в 80 последовательностях. 79 из них содержали по одному второму мотиву, и только одна EXB10_ORYSJ/78-157 содержала первый мотив, однако её e-value=4.9, что говорит о низком уровне её гомологии или же об её отсутствии. Исходя из этого, можно сделать вывод, что выравнивания из Pfam содержит лишь второй мотив, то есть оно соответствует только второму мотиву.
Файл, полученный в результате работы MAST