"Особенности" (features) аминокислотной последовательности белка YOAJ_BACSU (Expansin-YoaJ из Bacillus subtilis)
На рисунке 1 схематически показана вторичная структура белка YOAJ_BACSU, сигнальная последовательность выделена розовым, участок, характерный для эндоглюканаз 45-го семейства - коричневым, а поворот фиолетовым цветом.
Рис.1. Вторичная структура белка YOAJ_BACSU (схема, скриншот из SRS).
Сигнальная последовательность
Сигнальная последовательность - это последовательность аминокислот в составе белка, которая служит для его посттрансляционного транспорта к "месту назначения" или для того, чтобы белок был связан каким-либо ферментом. Она может находиться в любом участке полипептида, но чаще находится на его концах. После совершения свой функции сигнальная последовательность удаляется.
На N-конце аминокислотной последовательности белка YOAJ_BACSU находится участок, который кодирует сигнальный пептид длиной 25 аминокислотных остатков. Он начинается с 1ого и заканчивается 25м остатком. Пока не известно существует ли этот сигнальный пептид в действительности, его существование только предполагается. Последовательность аминокислот сигнального пептида можно посмотреть, пройдя по ссылке.
Поворот
В последовательности аминокислот белка YOAJ_BACSU есть участок, за счет которого происходит поворот цепи. Последовательность аминокислот поворота можно посмотреть, пройдя по ссылке.
Участок, характерный для эндоглюканаз 45-го семейства
Начиная с 58го и заканчивая 127м аминокислотным остатком в последовательности белка YOAJ_BACSU располагается участок, который с небольшими отличиями можно обнаружить у эндоглюканаз 45-го семейства[1]. Его последовательность аминокислот можно посмотреть, пройдя по ссылке.
Описание всех записей банка трехмерных структур PDB, относящихся к YOAJ_BACSU (Expansin-YoaJ из Bacillus subtilis)
В банке трехмерных структур PDB, находятся 6 записей, относящихся к YOAJ_BACSU. Их PDB-коды: 2BH0, 3D30, 4FER, 4FFT, 4FG2, 4FG4. Их описание, полученное с помощью поиска SRS можно посмотреть, пройдя по ссылке.
Таблица встречаемости в SwissProt белков из Firmicutes, имеющих функцию, сходную с функцией белка Expansin-YoaJ из Bacillus subtilis
| Формулировка функции белка | Строка запроса | Количество найденных документов |
| Эндоглюканаза | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & [swissprot-Description:endoglucanase*]) | 53 |
| Эндоглюканаза (из полноразмерных последовательностей) | ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:endoglucanase*] ! [swissprot-Description:fragments*])) | 53 |
| Секретируемая эндоглюканаза | (([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] & ([swissprot-Description:endoglucanase*] ! [swissprot-Description:fragments*])) & [swissprot-Keywords:secreted*]) | 6 | Секретируемый пептид, функция которого связана с клеточной стенкой и с целлюлозой | ([swissprot-Taxonomy:firmicutes*] & (([swissprot-Keywords:cell wall*] & [swissprot-Keywords:secreted*]) & [swissprot-Keywords:cellulose*])) | 4 | Экспансин или внеклеточная эндоглюканаза | ((([swissprot-AllText:expansin*] | ([swissprot-AllText:extracellular*] & [swissprot-AllText:endoglucanase*])) & [swissprot-Taxonomy:Firmicutes*]) | 3 |
Сохранение информации о полноразмерных последовательностях найденных белков
Так как, находок гомологичных белков в Swissprot мало, был использован поиск по Uniprot. По запросу ([uniprot-Taxonomy:firmicutes*] & (([uniprot-Description:expansin*] | ([uniprot-Description:extracellular*] & [uniprot-Description:endoglucanase*])) ! [uniprot-Description:fragments*])) было найдено 10 белков.
Ссылка на файл полноразмерных последовательностей найденных белков в fasta форматеСсылка на таблицу с информацией о белках
Немного о поле "Taxonomy" банка Swissprot
На "bacil" начинаются названия девяти таксонов:
bacillaceae
bacillales
bacillariaceae
bacillariales
bacillariophyceae
bacillariophycidae
bacillariophyta
bacilli
bacillus
Количество записей в банке Swissprot, описывающих белки из рода Bacillus: 23105
Количество записей в банке Swissprot, описывающих белки из отдела Firmicutes: 68204
Записи SwissProt, связанные с научными интересами известного российского (советского) биолога А.А.Нейфаха
Ссылка на табличку Excel для записей, в которых А.А.Нейфах - автор первой публикации представлена ниже. Информация для таблицы была найдена с помощью запроса (([swissprot-Authors:Neyfakh*] > parent ) & ([swissprot-RefNumber#1:1] > parent ))
Ссылка на таблицу
Исходя из описаний записей в базах данных EMBL и Uniprot, можно сделать вывод, что А.А.Нейфах много внимания уделил работе со 168м штаммом Bacillus subtilis и изучению молекулярных аппаратов клетки, участвующих в развитии устойчивости к лекарствам.