Онлайн BLAST

Поиск организма по фрагменту нуклеотидной последовательности

Для выполнения поиска был задан фрагмент №3 длиной 300-нуклеотидов. Поиск осуществлялся с помощью программы megablast, представленной на сайте NCBI, с параметрами, установленными по умолчанию. Параметр Identities лучшего по качеству выравнивания = 100%, значит последовательности полностью совпадают. В записи RefSeq нет подробного указания всех координат, дана ссылка на запись CP001719 банка nr и сказано, что записи идентичны. Судя по координатам на выравнивании (1145-1444 нт) этот участок длиной 300 нт является частью гена, кодирующего белок.

Информация о данной последовательности

Организм: Methanobrevibacter ruminantium M1
AC записи RefSeq: NC_013790.1
Координаты:

	     gene            1..1167
                     /locus_tag="mru_0001"
		 CDS             1..1167
                     /locus_tag="mru_0001"
                     /codon_start=1
                     /transl_table=11
                     /product="cdc6 family replication initiation protein
                     Cdc6-1"
                     /protein_id="ADC45853.1"

Кодирующий
Продукт: белок cdc6 family replication initiation protein Cdc6-1.

Поиск гомолога белка человека в слоне

Был выбран белок ACHA9_HUMAN Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-9. Поиск гомологов выполнялся на сайте ENA (European Nucleotide Archive) среди белков африканского слона (Loxodonta africana).

Информация о гене, кодирующем найденный гомолог

E-value: 1E-251
Длина: 12294 нт
Identities: 92%
Количество интронов: 3
Координаты найденного гена в геноме слона: 43313897->43326191

Поиск некодирующих последовательностей программой BLAST

AC в банке RefSeq последовательности хромосомы бактерии Nitrosococcus oceani: NC_007484. Была выбрана последовательность метиониновой тРНК из генома Nitrosococcus oceani:

			>CP000127 CP000127.1 Nitrosococcus oceani ATCC 19707, complete genome.
			gggcctatagctcagtcggtagagcaggggactcataatcccttggtcgcaggttcgagt
			cctgctgggcccacca

Её координаты в записи nr:

			gene            45036..45111
                   /locus_tag="Noc_R0001"
			tRNA            45036..45111
                   /locus_tag="Noc_R0001"
                   /product="tRNA-Met"
                   /note="tRNA-Met1"

Далее был проведен поиск гомологов данной последовательности по всем бактериям, относящимся к порядку Chromatiales.
Число находок с e-value < 0,001, полученных с помощью
- megablast: 7
- blastn с параметрами по умолчанию: 14
- blastn с длиной слова = 7, match/mismatch = 1/-1: 24
Число находок увеличивается так как условия поиска расположены по уменьшению чувствительности. Алгоритм megablast ищет только сильно похожие последовательности, а blastn включает в выдачу и менее похожие.