В таблице 1 представлена информация о белке под идентификатором UniProt Q9Y259. Это холин/этаноламин киназа. Для неё показаны две ферментативные функции.
| EC-код | 2.7.1.32 2.7.1.82 |
Активность (eng) | Активность (рус) |
| Класс | 2 | Transferases | Трансферазы |
| Подкласс | 1 | Transferring phosphorus-containing groups | Перенос групп, содержащих фосфор |
| Подподкласс | 1 | Phosphotransferases with an alcohol group as acceptor | Фосфотрансфераза, использующая гидроксильную группу в качестве акцептора |
| Порядковый номер | 32 82 |
choline kinase ethanolamine kinase |
холин киназа этаноамин киназа |
Для определения количества ферментов у человека был использован поиск по SRS.
| Запрос | Количество ферментов |
| 2.*.*.* | 4419 |
| 2.7.*.* | 707 |
| 2.7.1.* | 106 |
| 2.7.1.32 | 2 |
| 2.7.1.82 | 4 |
Был выполнен аналогичный прошлому поиск в Uniprot по белкам мыши, имеющим трансферазную активность. Последовательности сохранены в файлfasta-формате, также получен файл, в котором записаны EC ферментов напротив идентификаторов белков. Количество ферментов с близкими функциями у мыши показано в таблице 3.
| Запрос | Количество ферментов |
| 2.*.*.* | 1737 |
| 2.7.*.* | 903 |
| 2.7.1.* | 136 |
| 2.7.1.32 | 2 |
| 2.7.1.82 | 4 |
Примечательно, что функция 2.7.1.32 у двух найденных белков мыши всегда идет вместе с функцией 2.7.1.82. А два белка имеют только функцию 2.7.1.82. Так как у человека количественное соотношение этих белков такое же, можно предположить, что у него наблюдается такая же картина.
Далее с помощью программы blastp, с использованием найденных белков мыши в качестве базы данных, был осуществлен поиск гомологов белка Q9Y259 человека. Его последовательность была определена с помощью seqret - файл chkb_human.fasta. Поиск был осуществлен с e-value 1 и 10. С e-value 1 нашлись 4 гомолога, а с e-value 10 - 31. Среди них достоверными можно считать все те же 4 гомолога. При поиске с e-value 10 - 31 были обнаружены белки, в которых есть небольшие участки с identity = 30 - 35%. Ниже представлена таблица ферментативных активностей найденных гомологов. Возможные гомологи с короткими участками идентичности около 30% представлены в таблице выборочно так, чтобы охватить все найденные ферментативные активности.
blastp -task blastp -query chkb_human.fasta -db Mus_m.fasta -evalue 1 > align.fasta
blastp -task blastp -query chkb_human.fasta -db Mus_m.fasta -evalue 10 > align10.fasta
| ID гомолога | E-value | EC |
| O55229 (CHKB_MOUSE) | 0.0 | 2.7.1.32; 2.7.1.82 |
| O54804 (CHKA_MOUSE) | 2e-155 | 2.7.1.32; 2.7.1.82 |
| A7MCT6 (EKI2_MOUSE) | 4e-50 | 2.7.1.82 |
| Q9D4V0(EKI1_MOUSE) | 1e-49 | 2.7.1.82 |
| Q6P9R2(OXSR1_MOUSE) | 1.2 | 2.7.11.1 |
| Q9WV60(GSK3B_MOUSE) | 1.2 | 2.7.11.26; 2.7.11.1 |
| E9QK39(E9QK39_MOUSE) | 1.2 | 2.7.11.1 |
| Q9WTK2(CDYL_MOUSE) | 1.7 | 2.3.1.48 |
| Q3U1V8(M3K9_MOUSE) | 3.1 | 2.7.11.25 |
Таким образом, первые четыре гомолога, это те самые 4 белка, которые были определены в прошлом задании, как имеющие активность 2.7.1.82. Их последовательности сильно похожи с белком chkb_human (Q9Y259). Следующие белки имели короткие гомологичные с chkb_human участки. Однако, несмотря на короткую длину, идентичность около 30% определяла функцию вплоть до подподкласса. Нужно отметить, что так происходит не всегда. Исключением является например, белок Q9WTK2(CDYL_MOUSE). Он имеет гистон ацетилтрансферазную активность.