Нахождение гидрофобных кластеров
Гидрофобные кластеры были найдены в структуре 3d30 с помощью программы Clud. На рисунках показаны обнаруженные кластеры для разных порогов - расстояний, на которых учитываются гидрофобные взаимодействия, для всех запросов был выбран "строгий" набор атомов, которые учитываются в гидрофобных взаимодействиях. Разные кластеры на одном рисунке показаны разным цветом. Маленькие кластеры не показаны.
Рисунок 1. Гидрофобные кластеры в структуре 3d30 порог 5.4 Å.
На рисунке 1 видно, что большой кластер (331 атом) охватывает почти весь белок и находится скорее в середине белка, чем снаружи, маленькие кластеры (около 20 атомов) связаны с бета-листами. Чтобы увиддеть, можно ли разграничить кластеры по визуально выделяемым доменам белка (его можно разбить на две половинки), был осуществлён поиск с порогами 4.3 Å и 4.2 Å.
Рисунок 2. Гидрофобные кластеры в структуре 3d30 порог 4.3 Å.
Рисунок 3. Гидрофобные кластеры в структуре 3d30 порог 4.2 Å.
Между порогами 4.3 Å и 4.2 Å происходит разделение одного большого кластера (194 атома) на два поменьше (73 и 75 остатков). Каждый из них теперь соответствует "домену" (половинке структуры). Они находятся между бета-листами и областях неструктурированных петель, обращенных к центру глобулы.
Поиск гидрофобных кластеров на интерфейсе двух цепочек
Для поиска была выбрана структура 1ZIK (GCN4-LEUCINE ZIPPER CORE MUTANT ASN16LYS IN THE DIMERIC STATE). Это лейциновая молния, поэтому между двумя спиралями должен быть гидрофобный кластер, обеспечивающий их контакт, что можно увидеть на рисунке 4.
Рисунок 4. Гидрофобный кластер (119 атомов) в структуре 1ZIK порог 5.4 Å.