Сравнение доменов, обнаруженных SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam для структуры экспансин-подобного белка с PDB-кодом 3D30
С помощью SCOP/SCOPe, ECOD, CATH и Pfam была произведена попытка определить домены для структуры экспансин-подобного белка с PDB-кодом 3D30. Нужно отметить, что это не самая простая задача, так как белок охарактеризован ещё не очень подробно. Так, SCOPe обнаружил только запись PDB, но не данные о доменах ("This PDB entry is not classified in SCOPe 2.05"). Как видно из таблицы, информация о доменых в разных базах данных различается.
| Классификация | Название домена | Границы домена |
| Pfam | Lytic transglycolase | 59-127 |
| ECOD | e3d30A1 cradle loop barrel RIFT-related double psi DPBB_1 |
1-112 |
| ECOD | e3d30A3 Immunoglobulin-like beta-sandwich Immunoglobulin-related Immunoglobulin/Fibronectin type III/E set domains/PapD-like |
112-208 |
| CATH | 3d30A02 Class 2: Mainly Beta Architecture 2.60: Sandwich Topology 2.60.40: Immunoglobulin-like Homologous Superfamily 2.60.40.760 Functional Family Extracellular endoglucanase (Expansin) |
109-202 |
На рисунках показаны эти домены. Видно, что в случае CATH и ECOD обнаруженные домены соответствуют визуальному разделению структуры на части (структурным доменам). Домен CATH 3d30A02 почти совпадает с доменом ECOD e3d30A3. В тоже время чать домена Lytic transglycolase, определенного Pfam, совпадает с доменом ECOD e3d30A1. Домен из Pfam не совпадает с разделением структуры на структурные домены, это не очень удивительно, так как Pfam специализируется на эволюционных доменах. Однако ECOD, который тоже определяет домены с учетом их возможной эволюции, всё-таки определил домен, который похож на структурный.
Рисунок 1. Домен определенный Pfam на структуре 3D30 показан фиолетовым.
Рисунок 2. Домены определенные ECOD на структуре 3D30. e3d30A1 показан фиолетовым, а e3d30A3 голубым.
Рисунок 3. Домен определенный CATH на структуре 3D30 показан голубым.